【2026年】事業承継・M&A補助金とは？申請方法やスケジュールをまとめました。

事業承継・M&A補助金はスケジュールを把握して計画的に取り組もう

後継者不足の解消やM&Aによる成長を支援する「事業承継・M&A補助金」。
本補助金を有効活用するには、自社の取り組みが4つの支援枠（事業承継促進・専門家活用・PMI推進・廃業再チャレンジ）のどれに該当し、どの特例（賃上げや100億円企業特例など）が適用できるかを正確に把握することが重要です。

ただし、公募期間は限られており、「交付決定前の契約・発注は原則対象外」となるなど厳格なスケジュール管理が求められます。
特に、申請に必須となる「GビズIDプライムアカウント」は、発行までに通常1〜2週間（混雑時は3週間以上）かかります。公募の締め切りを待たず、今すぐ取得手続きを進めましょう。

本記事では、制度の最新概要から失敗しない申請の流れまで分かりやすく解説します。

事業承継・M&A補助金（旧：事業承継・引継ぎ補助金）ってなに？

多くの中堅企業、中小企業が抱えているのが、事業承継の悩みです。オーナーや社長から誰を後継者にして事業を引き継ぐのかを、経営課題としている企業は多いでしょう。
事業承継・M&A補助金は、事業承継をきっかけに新しい取り組みをスタートする中小企業や、事業再編・事業統合に伴って経営資源の引継ぎを進める中小企業を支援する制度です。

具体的には、費用負担を軽減して承継後の積極的な投資を促進するために、中小企業者の事業承継・経営資源引継ぎに要する費用を、一部補助しています。

【2026年最新】事業承継・M&A補助金・第16次公募の主なポイント

2026年9月4日に、事業承継・M&A補助金の第16次公募要領が公開されました。第15次公募で新設された「小規模売り手支援類型」も引き続き設けられています。ここでは、第16次公募で確認しておきたい補助額や対象、申請条件を紹介します。

1. 小規模な売り手向けに最大450万円を補助

第15次公募で新設された「小規模売り手支援類型」は、第16次公募でも設けられています。会社や事業を第三者に譲り渡す予定の小規模事業者等を対象に、M&Aに必要な専門家への委託費などを支援する類型です。

補助率は補助対象経費の2/3以内、補助上限額は450万円で、補助下限額は設けられていません。

ただし、補助事業期間内にM&Aが成立しなかった場合は、補助上限額が50万円となり、補助対象経費も着手金・システム利用料・デューデリジェンス（DD）費用に限定されます。

2. 廃業費用の補助上限は原則300万円

廃業・再チャレンジ枠では、事業承継やM&Aに伴う廃業、M&Aを断念した後の再チャレンジなどに必要な廃業費用を支援します。所定の要件を満たす場合、単独での申請や、ほかの枠との併用申請が可能です。

廃業費用の補助上限額は原則300万円ですが、小規模売り手支援類型と併用する場合は最大150万円となります。すべての類型で一律に300万円が上乗せされるわけではありません。

補助率は単独申請の場合は2/3以内で、併用申請の場合は組み合わせる枠・類型によって異なります。廃業費用の補助を利用する際は、補助上限額だけでなく、併用条件や対象経費も確認しましょう。

3. 事業承継促進枠は5年以内に予定する承継を支援

事業承継促進枠は、親族内承継や従業員承継等を予定する後継者が中心となって取り組む、生産性向上のための設備投資等を支援する枠です。

第16次公募では、2026年11月6日から2031年11月5日までに実施する予定の事業承継が対象となります。すでに完了した事業承継を広く対象とする制度ではないため、承継予定日を確認しましょう。

申請時点で所定の要件を満たす後継者が選定されていることや、事業承継の計画について認定経営革新等支援機関の確認を受けることなどが必要です。また、対象期間内に経営権と所有権の両方を引き継ぐことが求められます。

4. 専門家活用枠は類型によって補助額・補助率が異なる

専門家活用枠は、M&Aに必要な専門家費用等を支援する枠で、申請する類型によって補助額や補助率が異なります。

通常の買い手支援類型と売り手支援類型の補助上限額は600万円です。企業の財務・法務などを調査するデューデリジェンス（DD）費用の上乗せを利用する場合は、最大800万円となります。

補助率は、通常の買い手支援類型が2/3以内、売り手支援類型が原則1/2以内です。ただし、売り手支援類型でも、営業利益率の低下や直近決算期の赤字など、所定の要件に該当する場合は2/3以内となります。

一方、所定の要件を満たす買い手向けの「100億企業特例」では、補助上限額が2,000万円となります。補助率は、補助額のうち1,000万円以下の部分が1/2以内、1,000万円を超える部分が1/3以内です。

5. 賃上げによる上限引き上げには3％以上の要件がある

事業承継促進枠とPMI推進枠の事業統合投資類型では、所定の賃上げ要件を満たす場合、補助上限額を800万円から1,000万円に引き上げられます。

具体的には、補助事業が完了した日を含む事業年度を基準年度として、翌年度の「従業員1人当たりの給与支給総額」を3％以上増加させる必要があります。公募申請時までに賃上げ計画を従業員等に表明し、申請時に必要書類を提出することも求められます。

達成後も、事業計画期間中は所定の賃上げ水準を維持しなければなりません。要件を達成できなかった場合や、その後に水準を維持できなかった場合は、原則として補助上限の引き上げ額（最大200万円）の返還が求められます。

なお、補助額のうち800万円を超える部分の補助率は、一律1/2以内です。上限引き上げを利用する際は、継続的な人件費負担も踏まえて計画を立てましょう。

【2026年】事業承継・M&A補助金の支援枠4つの概要

2026年の第16次公募では、「事業承継促進枠」「専門家活用枠」「PMI推進枠」「廃業・再チャレンジ枠」の4つの枠が設定されています。

※事業承継促進枠とPMI推進枠の事業統合投資類型では、補助額のうち800万円を超える部分の補助率は1/2以内です。
※専門家活用枠は、買い手支援類型・売り手支援類型・小規模売り手支援類型・100億企業特例など、類型によって補助上限額や補助率が異なります。
※廃業費用の上乗せには別途要件があります。小規模売り手支援類型と併用する場合、廃業費用の補助上限額は150万円です。
※M&Aが補助事業期間内に成立しなかった場合は、専門家活用枠の類型によって補助上限額や補助対象経費が制限されます。

※参考元：事業承継・M&A補助金事務局「第16次公募 事業承継促進枠 公募要領」、「専門家活用枠 公募要領」、「PMI推進枠 公募要領」、「廃業・再チャレンジ枠 公募要領」

それぞれの特徴や対象要件について詳しく解説します。

1. 事業承継促進枠

事業承継促進枠は、親族内承継や従業員承継等を予定する中小企業・小規模事業者等が、後継者を中心に取り組む生産性向上のための設備投資等を支援する枠です。

第16次公募では、2026年11月6日から2031年11月5日までに実施する予定の事業承継が対象となります。申請時点で所定の要件を満たす後継者が選定されており、期間内に経営権と所有権の両方を引き継ぐ計画について、認定経営革新等支援機関の確認を受ける必要があります。

対象者：親族内承継や従業員承継等の事業承継によって事業を引き継ぐ者。
補助率：1/2または2/3（小規模事業者等の場合は2/3）
補助上限額：800万円〜1,000万円（※一定の賃上げ要件を満たす場合、上限を1,000万円に引き上げ。廃業・再チャレンジ枠併用時は＋300万円）
対象経費：設備費、産業財産権等関連経費、謝金、旅費、外注費、委託費

※参考元：事業承継・M&A補助金事務局「第16次公募 専門家活用枠 公募要領」

2. 専門家活用枠

M&Aを進める際に必要となる、仲介業者やFA（ファイナンシャル・アドバイザー）への委託費用、デューデリジェンス（DD）費用などを補助する枠です。経営資源を譲り受ける買い手と、譲り渡す売り手の双方を支援します。

買い手支援類型（通常類型）・売り手支援類型
対象者：M&Aにより経営資源を譲り受ける予定の者、または譲り渡す予定の者。
補助率：通常の買い手支援類型は2/3以内。売り手支援類型は原則1/2以内ですが、物価高等による営業利益率の低下や、直近決算期の営業利益または経常利益が赤字であるなど、所定の要件に該当する場合は2/3以内となります。
補助上限額：600万円。DD費用の上乗せを利用する場合は最大800万円となります。廃業・再チャレンジ枠を併用する場合は、要件を満たす廃業費用について最大300万円を上乗せできます。

小規模売り手支援類型
会社や事業を譲り渡す予定の小規模事業者等を対象とする類型です。補助率は2/3以内、補助上限額は450万円で、補助下限額は設けられていません。廃業・再チャレンジ枠を併用する場合、廃業費用の上乗せは最大150万円となります。

ただし、補助事業期間内にM&Aが成立しなかった場合は、補助上限額が50万円となり、対象経費も着手金・システム利用料・DD費用に限定されます。この場合、併用申請した廃業費用は補助対象外です。

買い手支援類型の100億企業特例
所定の要件を満たす買い手は、補助上限額が2,000万円となる「100億企業特例」を利用できます。補助率は、補助額のうち1,000万円以下の部分が1/2以内、1,000万円を超える部分が1/3以内です。通常の買い手支援類型とは申請条件等が異なるため、公募要領を確認してください。

主な対象経費は、謝金、旅費、外注費、委託費（仲介・FA手数料、DD費用等）、システム利用料、保険料（表明保証保険等）です。仲介・FA費用は、「M&A支援機関登録制度」に登録された支援機関への費用に限り補助対象となります。

※参考元：事業承継・M&A補助金事務局「第16次公募 専門家活用枠 公募要領」

3. PMI推進枠

M&A成立後の「経営統合（PMI）」を支援します。異なる組織のシステム統合や人事制度の構築、企業文化の融合にかかる専門家への依頼費用や設備投資費用を補助し、M&Aによるシナジー最大化を目指します。

PMI専門家活用類型は、専門家活用枠の買い手支援類型と同時に申請することも可能です。同時申請時に廃業費用の補助を利用する場合は、買い手支援類型側で申請します。

対象者：M&Aにより経営資源を譲り受けた後、PMIに取り組む中小企業等。
補助率：1/2または2/3（類型により異なる）
補助上限額：・PMI専門家活用類型：150万円 ・事業統合投資類型：800万円〜1,000万円（賃上げ実施時1,000万円）。 ※各類型で廃業・再チャレンジ枠併用時は＋300万円
対象経費：謝金、旅費、委託費、設備費、外注費 等

※参考元：事業承継・M&A補助金事務局「第16次公募 専門家活用枠 公募要領」

4. 廃業・再チャレンジ枠

事業承継やM&Aに伴い、既存事業の一部または全部を廃業し、新たな事業へ再チャレンジする際や自身の知識・経験を生かした就職等のための費用を補助します。

対象：M&Aで事業を譲り渡せなかったことによる廃業及び再チャレンジ、または事業承継やM&Aの実施に伴って廃業を行う者。
補助率：2/3以内（単独申請時。他の枠と併用する場合はその枠の補助率に準ずる）
補助上限額：300万円（他の枠と併用申請する場合は、各枠の上限に加算）※小規模売り手支援類型と併用する場合の廃業費用の補助上限は150万円。
対象経費：廃業支援費、在庫廃棄費、解体費、原状回復費、リースの解約費、土壌汚染調査費、移転・移設費（併用時のみ）

※参考元：事業承継・M&A補助金事務局「第16次公募 専門家活用枠 公募要領」

【2026年】事業承継・M&A補助金の申請期間スケジュール

事業承継・M&A補助金の第16次公募は、2026年9月4日に公募要領が公開されました。申請受付期間は、2026年10月2日（金）から11月6日（金）17時までです。
2026年9月7日時点では申請受付前のため、公募要領の確認やGビズIDプライムの取得、必要書類の準備を進めましょう。

※予定の日程は変更される場合があります。申請前に事務局の公式サイトで最新情報を確認してください。

今後のスケジュールについては、公式ホームページで逐次更新されます。利用する予定がある場合には、小まめにチェックしてください。

事業承継・M&A補助金の申請の流れ

事業承継・M&A補助金の申請は、補助金の電子申請システム「jGrants（ジェイグランツ）」を利用して行います。 jGrantsを利用するには、あらかじめ「gBizIDプライム」のアカウントを取得しておく必要があります。

以下に、申請から補助金受領までの主な流れをまとめました。支援枠や類型によって必要書類やフォーマットが異なるため、詳細は必ず事務局の最新の公募要領を確認してください。

補助対象事業の確認

まずは自社の事業承継・M&Aの計画が、補助対象の要件（支援枠）に該当するかを確認します。 公式サイトで公開されている最新の公募要領を読み込み、どの類型で申請するのが最適かを検討しましょう。

gBizIDプライムアカウントの発行

申請には、GビズIDプライムのアカウントが必要です。取得方法にはオンライン申請と書類申請があり、申請者の状況によって利用できる方法が異なります。

マイナンバーカード等を使ったオンライン申請は最短即日で発行できます。一方、書類申請の審査期間は最大1か月と案内されているため、申請締切に余裕を持って準備しましょう。

すでにアカウントを取得している場合も、ログインできるか、有効期限が切れていないかを確認してください。

また、「事業承継促進枠」や「廃業・再チャレンジ枠」などでは、申請にあたって「認定経営革新等支援機関」による確認書の発行が必須となります。早期に専門家と連携し、事業計画のブラッシュアップを行いましょう。

アカウント登録に必要なもの：

• 法務局発行の印鑑証明書（法人の場合）または地方公共団体発行の印鑑登録証明書（個人事業主の場合）の原本（発行日より3カ月以内）
• 登録申請書（サイト上で作成・印刷し、実印を押印したもの）
• 代表者ご本人（個人事業主ご本人）のメールアドレスおよびSMS受信用電話番号

「gBizID」公式サイトから「gBizIDプライム作成」を行い、必要書類を郵送して申請します。

jGrantsによる公募申請・審査・交付申請

gBizIDを取得後、jGrants上で必要事項を入力し、書類をアップロードして「公募申請」を行います。 審査の結果は、事務局のホームページで採択者が公表されるほか、jGrants上でも採否の通知が行われます。採択を受けた後、「交付申請」を実施し、交付決定通知書を受理します。

補助事業の実施

交付決定の通知を受けた後、いよいよ事業を開始（契約・発注等）します。 【重要】原則として、交付決定通知を受ける前に契約・支払いを行った経費は補助対象になりません。 交付決定日以降かつ補助事業期間の間に契約・発注を行い、支払いまで完了した経費のみが対象となりますので、スケジュール管理には十分な注意が必要です。

また、補助事業期間中に発生した領収書、請求書、契約書などは、実績報告時にすべて必要となるため、厳重に保管しておきましょう。

実績報告・確定検査・補助金交付

補助事業完了後、事業完了日から起算して30日を経過した日、または交付決定通知書記載の補助事業完了期限日より10日を経過した日のいずれか早い日までに実績報告書を提出します。 提出後、事務局による書類検査や必要に応じた実地検査が行われ、補助金の額が確定したのち、精算払い（後払い）として補助金が交付されます。

事業終了後も、枠によっては一定期間（廃業・再チャレンジ枠は1年間、PMI専門家活用類型は3年間、事業承継促進枠は5年間など）にわたり「事業化状況報告」が必要になります。適切な経営と報告義務の履行を継続しましょう。

事業承継・M&A補助金のよくある質問（FAQ）

事業承継・M&A補助金の申請にあたって、よくある質問をまとめました。

Q1. 親族内での承継（事業引き継ぎ）でも補助金の対象になりますか？

A1. はい、親族内承継も対象になり得ます。第16次公募の事業承継促進枠では、2026年11月6日から2031年11月5日までに予定する親族内承継や従業員承継等に際して、後継者が中心となって行う設備投資等を支援します。後継者や事業承継の計画について、所定の要件を満たす必要があります。

Q2. 補助金はいつ頃、どのように振り込まれますか？

A2. 補助金は原則として後払いです。交付決定後に事業を実施し、実績報告と事務局による検査を経て補助金額が確定した後、精算払いの手続きを行います。入金時期は事業の完了時期や審査の状況などによって異なるため、事業に必要な経費はいったん自社で支払えるよう、資金を準備しておきましょう。

Q3. M&Aの交渉が途中で破談（ブレイク）になってしまった場合、専門家費用は補助されますか？

A3. 補助事業期間内にM&Aが成立しなかった場合でも、一部の費用が補助対象になることがあります。ただし、申請する類型によって対象経費と補助上限額が異なります。

仲介手数料や中間報酬などが一律に補助されるわけではありません。契約前に、申請する類型の公募要領で対象経費を確認しましょう。

Q4. 「事業承継促進枠」と「専門家活用枠」を同時に申請することはできますか？

A4. 同じ公募回で、事業承継促進枠と専門家活用枠を同時に申請することはできません。事業承継の方法や、補助を受けたい経費に合った枠を選ぶ必要があります。

一方、専門家活用枠の買い手支援類型とPMI専門家活用類型など、組み合わせによっては同時申請が可能です。廃業費用の併用申請にも条件があるため、各枠の公募要領を確認してください。

Q5. 交付決定が出る前に支払った着手金や外注費は対象になりますか？

A5. 原則として対象外となります。本補助金では「交付決定日」の後に契約・発注・支払いを行った経費のみが補助対象です。交付決定前に独自に進めてしまった契約や事前支払いは、たとえ事業に必要な経費であっても補助されませんので、スケジュールには十分ご注意ください。

まとめ・事業承継・M&A補助金の申請方法などを確認して準備しよう！

事業承継・M&A補助金は、事業の引継ぎやM&A、それに伴う設備投資・経営統合・廃業等を支援する制度です。「事業承継促進枠」「専門家活用枠」「PMI推進枠」「廃業・再チャレンジ枠」の4つがあり、対象者や補助対象経費、補助額、併用できる組み合わせが異なります。

自社の計画に合った枠を確認し、公募要領に沿って申請準備を進めましょう。補助金は原則として後払いとなるため、申請日程だけでなく、交付決定後の事業実施や資金繰りまで見据えた準備が重要です。

中小企業や小規模事業者をサポートする補助金や支援はいろいろな種類があります。
国が提供しているサポート以外に、地方自治体や金融機関で提供している制度もあるので、調べてみてください。

（編集：創業手帳編集部）