確定申告の間違いで連絡くる?税務署から指摘されるケースと対処法

連絡が来るケース・来ないケースと指摘される人・されない人の違い、修正方法も解説

確定申告で間違いがあった場合、必ず税務署から連絡が来るとは限りません。納税額が少なければ指摘される可能性が高い一方、税金を払いすぎていても自動的には返金されないため注意が必要です。

本記事では、税務署から連絡が来るケース・来ないケースの違いや連絡のタイミング、対応方法について詳しく解説します。また、間違いに気づいたときの修正方法や、放置した場合のペナルティについても紹介します。確定申告の間違いを未然に防ぐポイントも押さえて、安心して申告を完了させましょう。

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【結論】間違いの種類で連絡の有無が変わる

確定申告で間違いがあった場合、必ず税務署から連絡が来るわけではありません。連絡の有無は「間違いの内容」によって変わります。

納税額が本来より少ない場合と多い場合で、税務署の対応は異なります。納税額が少なければ税務署から指摘される可能性が高い一方、多く払いすぎている場合は自動的に還付されることは原則としてありません。

納税額が少ない場合は連絡がくる

本来納めるべき税金より少なく申告している場合、税務署から連絡が来る可能性が高くなります。国の税収に直接影響するため、税務署が積極的に確認・指摘を行うからです。

過少申告の状態を放置すると、延滞税や加算税といったペナルティが時間とともに増えていきます。そのため税務署は、申告書のチェックや国税総合管理システム（KSKシステム）による異常値の検出を通じて、納税額が少ない申告を優先的に確認していると考えられます。

具体的には、売上に対して経費が異常に多い場合や、副業収入・投資収入の申告漏れがある場合などです。こうしたケースでは、申告後数か月以内に電話連絡があったり、税務調査の対象になったりする可能性があります。

税金を払いすぎた場合は連絡がこない

確定申告で税金を多く払いすぎていても、税務署から「払いすぎですよ」という連絡は来ません。

控除の申請漏れや経費の計上忘れなどで本来より多く納税してしまった場合、自分で「更正の請求」という手続きを行わない限り、還付されません。更正の請求は法定申告期限から5年以内に行う必要があり、期限を過ぎると払いすぎた税金を取り戻せなくなります。

連絡が来ない＝問題なしではない

税務署から連絡がないからといって、確定申告の内容に問題がないとは限りません。税務署は提出されたすべての申告書を細かくチェックしているわけではなく、優先順位をつけて確認しています。

実際には、申告時点では見逃されていた間違いが、数年後の税務調査で発覚するケースも少なくありません。税務調査は過去5年分（悪質な場合は7年分）が対象となるため、古い申告内容であってもペナルティの対象になります。

放置期間が長くなるほど延滞税が膨らみ、最終的な負担額が大きくなってしまいます。そのため、自分で間違いに気づいたら、速やかに修正申告や更正の請求を行うことが望ましいでしょう。

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税務署から連絡がくる3つのケース

税務署から連絡が来るのは、申告書に何らかの不備や疑問点がある場合です。連絡のきっかけとなるケースは大きく3つに分類されます。

ここでは、実際に税務署から連絡が来る代表的な3つのケースについて、具体的な内容と背景を解説していきます。

計算ミスや記載漏れがある場合

代表的なケースが、確定申告書の単純な計算ミスや必要事項の記載漏れです。足し算や引き算の間違い、端数処理のミス、還付口座の記載漏れなどが該当します。

こうした単純なミスは、税務署が申告書を受理した段階でのチェックで発覚しやすい特徴があります。申告期限後から4月頃にかけて、電話や文書で連絡が来ることが一般的です。

申告書と添付書類が一致しない場合

申告書に記載された金額と、添付された源泉徴収票や控除証明書の金額が一致しない場合も、税務署から連絡が来る主な理由の一つです。税務署は提出された申告書と添付書類を突き合わせて、内容を確認しています。

源泉徴収票に記載された給与所得の金額と申告書の数字が異なるケースや、生命保険料控除証明書の金額と申告書の控除額が合わないケースなどが典型例です。こうした不一致は、申告書審査の段階で比較的容易に発見されます。

過少申告や不正が疑われる場合

売上に対して経費が異常に多い、前年と比べて急激に所得が減少しているなど、申告内容に不自然な点がある場合は過少申告や不正を疑われる可能性があります。こうしたケースでは、職員による詳細な確認や税務調査の対象となることがあります。

たとえば、業種の平均と照らして不自然な経費計上があれば、「調査の必要がある」と判断される可能性が高いでしょう。昨今、国税庁はAIを導入することで、税務調査の精度を格段に上げています。

これまでは人の手で行われていたデータ分析や申告内容のチェックが、AIによって効率的かつ広範囲に行われるようになり、申告漏れや不正を発見する能力が高まっています。

副業収入や暗号資産(仮想通貨)の利益、不動産売却益などの申告漏れも、金融機関からの調書や取引記録と照合することで発覚するケースが少なくありません。

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税務署からの連絡はいつくる?

税務署からの連絡時期は、間違いの内容や重大性によって異なります。単純なミスであれば申告後比較的早い段階で連絡が来ますが、税務調査となると数か月から数年後になることもあります。

ここでは税務署からの連絡が来る時期について、ケース別に詳しく見ていきましょう。

簡易なミスは4月頃に電話がくる

確定申告期限(3月15日)を過ぎると、税務署では提出された申告書のチェック作業が本格的に始まります。単純な計算ミスや記載漏れといった軽微な誤りは、早ければ申告期限内から4月頃にかけて電話連絡が来る可能性があります。

ただし、必ず4月に連絡が来るわけではありません。申告書の処理状況や税務署の業務量によって、時期は前後することがあります。また電話だけでなく、文書で訂正を求められるケースもあるため、郵便物も注意して確認しましょう。

最近は税務署を装った詐欺電話も増えているため、相手の氏名・所属部署・税務署名を必ずメモしてください。電話口で直接振り込みを要求されたり、ATMの操作を指示されたりした場合は詐欺の可能性が高いため、一旦電話を切って税務署に確認することをおすすめします。

税務調査は7月以降が多い

税務署の事務年度は7月から翌年6月までとなっており、税務調査は7月以降に本格化する傾向があります。前年度の確定申告データの分析が完了し、調査対象の選定が進む時期でもあるため、特に7月から12月がピーク期間です。

ただし、年間を通じて税務調査が全く行われないわけではなく、悪質な脱税が疑われる場合などは時期を問わず調査が入ることもあります。

最大5年前まで遡って調査される

税務調査では、原則として過去5年分の申告内容が調査対象です。悪質な所得隠しや偽装が認められる場合は、最大7年前まで遡って調査されることもあります。

これは国税通則法で定められた「除斥期間(じょせききかん)」という期限に基づいています。除斥期間とは、税務署が納税者に対して課税処分を行える期限のことです。通常は法定申告期限から5年間、偽りその他不正の行為があった場合は7年間と定められています。

つまり2025年に受けた税務調査で、2020年分の確定申告内容について指摘されることも十分あり得るということです。「去年や一昨年の申告は問題なかったから大丈夫」と安心せず、過去の申告内容についても適切に記録を保管しておく必要があります。

領収書や帳簿、通帳などの関連書類は最低でも7年間は保管しておくことをおすすめします。調査時に証拠書類を提示できないと、経費として認められず追加納税を求められる可能性が高くなるためです。

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連絡の種類と対応方法

税務署からの連絡方法は、電話・郵送・訪問調査の予告など複数のパターンがあります。連絡手段によって緊急度や対応方法が異なるため、それぞれの特徴を理解しておくことが大切です。

ここでは連絡手段別の特徴と、それぞれに応じた適切な対応方法を解説していきます。

電話連絡の場合の対応

税務署から電話がかかってきた場合、まず相手の氏名・所属部署・税務署名を必ずメモしてください。落ち着いて内容を聞き取り、指示された対応を確認することが重要です。

単純な記載ミスや計算間違いの場合は、電話口で内容を確認したうえで修正申告の手続きを案内されることが一般的です。必要書類や提出期限についても具体的に教えてもらえるため、メモを取りながら対応してください。

もし電話に出られなかった場合でも、折り返し連絡を必ず行いましょう。無視や放置は事態を悪化させる原因となります。

ただし、最近は税務署を装った詐欺電話も増えているため注意が必要です。電話口で直接振り込みを要求されたり、ATMの操作を指示されたりした場合は詐欺の可能性が高いため、一旦電話を切って税務署の代表番号に確認してください。

郵送で通知が届いた場合の対応

税務署から「お尋ね」という文書が郵送されてくる場合があります。これは申告内容について確認したい点があるときに送られる任意の照会文書です。

お尋ね文書が届いたら、まず内容をよく確認してください。不明な点や疑問があれば、文書に記載された担当部署に電話で問い合わせることをおすすめします。多くの場合、回答期限が記載されているため、期限内に誠実に対応しましょう。

たとえば不動産を売却した際や高額な贈与を受けた際に、確定申告の内容確認として送られてくることがあります。必要な資料を添えて回答すれば、それ以上の問題にならないケースがほとんどです。回答内容に不安がある場合は、税理士に相談してから返信することも有効な方法です。

税務調査の連絡があった場合の対応

税務調査の連絡が来た場合、まず対象年度・税目・調査日時・必要書類を確認してください。通常の任意調査では事前に電話で連絡が入り、日程調整が可能です。

通常、訪問による税務調査が行われる場合、税務署から事前に電話で連絡が入るのが原則です。調査の日時や場所、対象となる税目などについて事前調整が行われ、納税者が何の説明もないまま突然調査を受けることは一般的ではありません。

ただし、仮装・隠蔽などの疑いがあり証拠隠滅のおそれがあると判断された場合には、例外的に事前連絡なしで突然訪問する税務調査が行われることもあります。ただし、このようなケースは限られており、誰にでも起こるものではありません。

近年は、こうした例外的な運用を口実にした税務署職員を名乗る詐欺も報告されています。「突然訪問して調査を行う」「今すぐ対応しないと処罰される」などと不安をあおる手口には注意が必要です。

実際の税務調査では職員は必ず身分証明書を提示しており、不審な点があれば税務署へ折り返し確認することが可能です。事前連絡のない訪問で違和感を覚えた場合は、その場で対応せず、落ち着いて事実確認を行うことが重要です。

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間違いに気づいたときの修正方法

確定申告の間違いに自分で気づいた場合、適切な修正手続きを行いましょう。修正方法は「いつ気づいたか」と「納税額が多いか少ないか」によって異なります。

早期に自主的な修正を行えば、ペナルティを軽減できたり免除されたりする可能性があります。間違いを放置するほど延滞税が膨らむため、気づいた時点で速やかに対応することが重要です。

期限内なら訂正の申告で対応

確定申告期限(3月15日)までに間違いに気づいた場合は、正しい内容で申告書を作成して再提出するだけで修正できます（訂正申告）。

期限内に同じ年分の申告書を複数回提出した場合、最後に提出したものが正式な申告書として扱われます。税務署に特別な届出や説明をする必要はなく、通常の確定申告と同じ方法で提出すれば問題ありません。

訂正申告にはペナルティが発生しません。そのため申告書を提出した後でも、期限までは内容を何度でも見直し、間違いがあれば訂正できます。

e-Taxで電子申告している場合も同様に、期限内であれば再度正しい内容で送信するだけです。控えとして最後に提出した申告書データを必ず保存しましょう。

納税額が少なければ修正申告

申告期限後に「税金を少なく申告していた」と気づいた場合は、修正申告という手続きが必要です。本来納めるべき税額より少なく申告していたケースが該当します。

修正申告書を作成して税務署に提出し、不足分の税金を納付します。修正申告書は国税庁ホームページからダウンロードできるほか、e-Taxでも作成・提出が可能です。

自主的に修正申告を行った場合、過少申告加算税が免除される可能性があります。ただし、延滞税は納期限までに完納しない場合に発生する点に注意が必要です。

納税額が多ければ更正の請求

「税金を多く払いすぎていた」場合には、更正の請求という手続きで還付を受けることができます。控除の申請漏れや経費の計上忘れで本来より多く納税していたケースが該当するでしょう。

更正の請求書を税務署に提出すると、税務署が内容を審査します。請求が認められれば、払いすぎた税金が還付される仕組みです。ただし自動的に返金されるわけではなく、必ず自分から請求する必要があります。

更正の請求ができる期限は、法定申告期限から5年以内です。この期限を過ぎると、たとえ税金を多く払いすぎていても取り戻すことができなくなるため注意してください。

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連絡を無視・放置すると発生するペナルティ

税務署からの連絡を無視したり、申告の間違いを放置したりすると、本来の税額に加えてさまざまなペナルティが課されます。これらは「附帯税(ふたいぜい)」と呼ばれ、納税者の義務違反に対する制裁的な性格を持つものです。

ここでは確定申告の間違いや税務署からの連絡を放置した場合に発生する、代表的なペナルティについて解説していきます。

過少申告加算税

過少申告加算税は、本来納めるべき税額より少なく申告していた場合に課されるペナルティです。税務署の指摘を受けてから修正申告を行った場合、追加納税額に対して以下の税率が適用されます。

区分	税率	内容・補足
税務署からの調査の事前通知の後に修正申告をした場合	5％	新たに納める税金に5％。ただし「新たに納める税金」が「当初の申告納税額と50万円のいずれか多い金額」を超える部分は10％
原則	10％	期限内に申告したが、申告額が不足していた場合に適用
例外	15％	申告税額よりも超えている場合、もしくは50万円のうち多い方を超えた場合に適用
税務調査の事前通知前に自主的に修正申告	課税なし	調査の事前通知前に自ら修正申告した場合の軽減税率
正当な理由がある場合	課税なし	天災ややむを得ない事情など、客観的に正当と認められる場合

税務署から指摘される前に、自主的に修正申告を行った場合は原則として過少申告加算税は課されません。これは自主的な修正を促すための措置であり、早期対応のメリットといえるでしょう。

延滞税

延滞税は、納期限までに税金を納めなかった場合に発生する「利息」のような性格を持つペナルティです。法定納期限の翌日から実際に納税する日までの日数に応じて計算されます。

区分	適用期間	税率（年率）
原則①	納期限の翌日から2か月以内	年7.3％または特例基準割合＋1％のいずれか低い割合
原則②	納期限の翌日から2か月超	年14.6％または特例基準割合＋7.3％のいずれか低い割合
法定納期限前に申告・後納付	―	延滞税なし
正当な理由がある場合	―	課税なし（免除）

特例税率による2025年（令和7年）の延滞税率は、納期限から2か月以内が年2.4%（特例基準割合1.4%+1%）、2か月超が年8.7%（特例基準割合1.4%+7.3%）です。

2026年1月1日から令和8年12月31日までの期間は、2か月以内が年2.8%(1.8%+1%)、2か月超が年9.1%(1.8%+7.3%)に変更される予定です。

たとえば本来100万円納税すべきところを50万円しか納めていなかった場合、不足分の50万円に対して延滞税が日割りで加算されていきます。1年間放置すると、延滞税だけで数万円に達することも珍しくありません。

悪質な場合は重加算税も

意図的な所得隠しや売上の除外、証拠書類の改ざんや隠蔽といった悪質な行為が認められた場合、重加算税という非常に重いペナルティが課されます。重加算税は過少申告加算税や無申告加算税に代えて適用される、最も重い行政罰です。

区分	税率	内容・適用要件
過少申告に係る重加算税	35％	仮装・隠蔽により、申告はしているが税額を少なく申告していた場合
無申告に係る重加算税	40％	仮装・隠蔽があり、そもそも申告をしていなかった場合
過去5年以内に重加算税等を課されたことがある場合（過少申告）	45％	繰り返しの不正があると判断された場合の加重税率
過去5年以内に重加算税等を課されたことがある場合（無申告）	50％	悪質性が高いとされ、最も重い税率が適用されるケース

重加算税が課されるのは「隠蔽または仮装」という悪質な行為があった場合です。具体的には二重帳簿の作成、売上の意図的な除外、架空経費の計上、証拠書類の破棄や改ざんなどが該当します。

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税務調査の対象になりやすい人

税務調査は無作為に行われるわけではなく、一定の基準に基づいて対象者が選定されています。税務調査の対象になりやすい人の特徴は、以下のとおりです。

• 売上が急増または急減している人
• 経費率が異常に高い人（売上の割に経費が多すぎる）
• 現金商売（飲食店・美容室など）
• 無申告または申告漏れの履歴がある人
• 消費税の課税基準（1,000万円）付近で推移している人
• 副業収入や暗号資産の利益がある人
• 過去に税務調査で指摘を受けた人

すべての方が調査対象になるわけではありませんが、特定の条件に該当すると選ばれる可能性が高くなります。ただし、これらの特徴に該当する場合でも、適正に申告していれば問題ありません。

日頃から正確な帳簿作成と証拠書類の保管を心がけることが、税務調査への効果的な備えとなります。会計ソフトを導入したり、税理士と相談したりしておけば、大きな問題なるケースはほとんどありません。

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確定申告の間違いを防ぐポイント

確定申告の間違いを未然に防ぐことが、税務署からの連絡やペナルティを避ける確実な方法です。ここでは確定申告の間違いを防ぐための具体的なポイントを、実践的な視点から解説していきます。

提出前のチェックリスト

申告書を提出する前に、以下の項目を必ず確認してください。チェックリストを作成して一つずつ確認することで、単純なミスを大幅に減らすことができます。

チェック項目	具体的に確認する内容
源泉徴収票と申告書の一致	給与所得の金額、源泉徴収税額、社会保険料の金額などが、申告書に正しく転記されているかを原本と照合する
控除証明書の転記	生命保険料控除、地震保険料控除、小規模企業共済等掛金控除などの証明書に記載された金額を正確に転記できているか確認する
計算結果の再確認	所得金額の合計、所得控除の合計、課税所得金額、税額の計算などを電卓で再計算して確認する
還付口座の記載（還付申告）	金融機関名、支店名、口座種別、口座番号、口座名義人を正確に記載できているか確認する
マイナンバーの記載・本人確認	本人・配偶者・扶養親族のマイナンバーがすべて正しく記載されているか、本人確認書類の添付（または提示）が必要なら準備できているか確認する

会計ソフトの活用で計算ミス防止

会計ソフトを使用することで、転記ミスや計算間違いを大幅に減らすことができます。手書きやエクセルでの管理と比べて、自動計算機能により正確性が格段に向上するためです。

特に個人事業主やフリーランスの方には、クラウド型の会計ソフトがおすすめです。たとえば「やよいの青色申告 オンライン」などは、簿記の知識がなくても直感的に操作でき、確定申告書の作成まで一貫して行えます。

さらにe-Tax連携機能により、作成した申告書をそのまま電子申告できるため、提出作業もスムーズです。青色申告特別控除の最大65万円控除を受けるためには電子申告が必須条件の一つとなっているため、会計ソフトの活用は節税面でもメリットがあります（2026年度からは最大75万円に引き上げ予定）。

不安なら税理士に相談する

複雑な控除の適用や事業所得の計算がある場合、税理士に依頼することで正確な申告が可能になります。特に初めて確定申告を行う方や、申告内容に不安がある方には専門家への相談を検討しましょう。

税理士に依頼するメリットは、単に申告書を作成してもらえるだけではありません。節税のアドバイスを受けられたり、将来的な事業計画について相談できたりと、トータルでのサポートが期待できます。

また税理士が関与している場合、税務署からの連絡も税理士経由になるため精神的な負担が軽減されます。万が一税務調査の対象になった場合でも、税理士に立会いを依頼できるため安心です。

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まとめ

確定申告で間違いがあった場合、必ず税務署から連絡が来るとは限りません。納税額が少ない場合は指摘される可能性が高い一方、税金を払いすぎていても自動的に返金されることはないため、自分で更正の請求を行う必要があります。

税務署からの連絡方法は、電話・郵送・訪問調査の予告などさまざまです。いずれの場合も、無視や放置は絶対に避けてください。

間違いに気づいた場合のでも、自主的な修正であれば過少申告加算税が免除される可能性もあるため、早期の対応が重要です。

（編集：創業手帳編集部）