年末調整と確定申告の違いとは？会社員が両方必要なケース・どちらをするか解説

年末調整と確定申告の違いとは？会社員が両方必要なケース・どちらをやるか一覧で紹介

年末調整と確定申告の大きな違いは、所得税の精算を会社が行うか、自分で申告するかです。
会社員は原則として年末調整だけで手続きが完了しますが、副業の所得が20万円を超える場合や、医療費控除・住宅ローン減税の1年目・ふるさと納税（ワンストップ特例を使わない場合）などに当てはまる場合は、年末調整のあとに確定申告も必要になります。

この記事では、両者の違い、自分がどちらをすべきかがわかるチェックリスト、両方が必要なケースを解説します。対象者本人はもちろん、経営者や年末調整担当者も、個々の社員に対応できるよう2つの違いを確認しておきましょう。

年末調整と確定申告の違い【比較表】

年末調整と確定申告は、どちらも所得税に関する手続きです。しかし、目的や対象者、誰が手続きするかなどが異なります。両者の違いを具体的に知れば、自分がやるべき手続きがわかり、税金の計算ミスや納付漏れを防げるでしょう。

年末調整とは

年末調整とは、毎月の給与から天引き（源泉徴収）された所得税を、1年間の給与が確定した時点で計算し直し、過不足を精算する手続きです。主に会社員が対象です。

毎月の源泉徴収額は概算で、正確な税額ではありません。1年間の所得が決まらないと正確な税額は出せず、扶養家族や保険料などの個々の事情を踏まえた「控除」も反映する必要があるためです。

従業員は、会社から配られた申告書に記入し、必要に応じて控除証明書などを添えて提出します。会社はそれらをもとに税額を再計算し、過不足を還付または徴収したうえで、従業員に代わって納税します。

確定申告とは

確定申告とは、1年間の所得と税額を自分で計算し、税務署に申告して、納める（または還付を受ける）所得税額を確定させる手続きです。収入や経費、控除額、税額などをすべて自分で計算し、一人ひとりが手続きして納税します。

会社員の給与は年末調整で精算されますが、給与以外の所得に対する税金や、年末調整で受けられない控除は、確定申告で自分で手続きします。

確定申告は、対象となる年の翌年に行います。申告期限は翌年2月16日から3月15日までです。申告書は、国税庁の確定申告書等作成コーナーやe-Taxなどで作成・提出できます。

申告したほうが節税になる場合も、お知らせなどは届かないため注意しましょう。申告が必要なのに申告しなかった場合は、ペナルティの対象となります。

【チェックリスト】自分は年末調整？確定申告？両方？

自分が年末調整だけでよいのか、確定申告も必要なのかは、次のチェックリストで確認できます。上から順に、当てはまる項目を確認してください。

【STEP1】会社などから給与を受け取っていますか？

【STEP2】給与の収入金額が年間2,000万円を超えていますか？

【STEP3】次のいずれかに当てはまりますか？（確定申告が必要なケース）

【STEP4】次のいずれかに当てはまりますか？ （控除や還付を受けるために確定申告するケース）

※ 確定申告をする場合は、ふるさと納税のワンストップ特例は使えません。ふるさと納税も確定申告に含めて申告します。

判定結果のまとめ

各ケースの詳しい内容は、次の章以降で解説します。

会社員でも年末調整と確定申告の両方が必要なケース【申告が義務】

年末調整と確定申告は、会社員とそれ以外といった単純な分け方ができないことがあります。会社員でも、次のケースでは確定申告が必要になります。

正しく申告しないと損をしてしまうこともあるので、自分が当てはまるかどうか見逃さないようにしましょう。

副業の所得が20万円を超える場合

年末調整が実施される会社員でも、給料以外の所得（副業など）が年間20万円を超える場合には確定申告が必要です。会社の給料は年末調整で、副業などの所得は確定申告で税額を計算し、納税します。

副業の所得が20万円以下の場合には所得税の確定申告の必要はありません。所得は稼いだ収入の額ではなく、収入から必要経費を差し引いた金額です。

投資については、上場株や投資信託などの有価証券投資で、証券口座が「源泉徴収あり特定口座」にできる場合は、投資収益を理由とした確定申告は必須ではありません。

また、直近3年分の損益を相殺して税額を抑える「損益通算」を適用するためには、口座の種類にかかわらず確定申告をする必要があります。

最近増加傾向にあるNISA口座で投資をした場合は、そもそも発生した収益は非課税なので、年間収益額に関わらず確定申告が不要です。

2カ所以上から給与所得を得ている場合

2カ所以上から給与所得を得ている場合には、確定申告が必要となることがあります。年末調整されなかった給与の収入金額と、給与所得・退職所得以外の所得金額との合計が20万円を超える場合が対象です。

雇用されており給与所得を得ている人は基本的に年末調整の対象者ですが、年末調整は一カ所でしか受けられないため、主たる給与の支給先以外からの給与は、上記の条件に当てはまる場合、確定申告をしなければなりません。

具体的なケースとしては、パートの掛け持ちや会社の役員の兼務、会社員のパート・アルバイトでの副業です。

年末調整のあとに確定申告をするケース【控除・還付を受ける】

会社員が年末調整を受けたあとでも、次のケースでは、控除や還付を受けるために確定申告をします。年末調整では受けられない控除があるためで、申告は任意ですが、申告しなければ控除を受けられません。

なお、還付を受けるための申告（還付申告）は、確定申告の期間に限らず、対象の年の翌年1月1日から5年間、提出できます。

【年末調整のあとに確定申告をする主なケース】

住宅ローン減税1年目の場合

住宅ローン減税は、マイホームをローンで購入、建築した人の減税措置です。ローンを利用し始めてから毎年のローン残高の0.7％が、所得税（一部は住民税）から控除されます。

令和12年12月31日までに入居した人が対象で、控除期間は住宅の種類によって異なります。認定長期優良住宅・認定低炭素住宅・ZEH水準省エネ住宅は、令和12年までの入居で最長13年です。

省エネ基準適合住宅は令和9年までの入居で最長13年、それ以外の新築住宅は原則として対象外です。既存住宅などは、要件が異なるため、国税庁や国土交通省の案内で確認してください。

住宅ローン減税を受けるには、初年度のみ確定申告が必要です。2年目以降は、勤務先の年末調整で控除を受けられます。

2年目以降の年末調整では、次の書類を勤務先に提出します。

• 年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書兼給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書（1年目の確定申告をしたあと、税務署から送られてきます）
• 年末残高等証明書（金融機関から届きます）

医療費控除を受ける場合

1年間に支払った医療費が10万円を超えた場合（総所得金額等が200万円未満の人は、総所得金額等の5%を超えた場合）は、医療費控除が受けられます。除額は最高200万円です。医療費控除は、年末調整では受けられないため、確定申告が必要です。

また、通常の医療費控除を受けない方は「セルフメディケーション税制」による控除が受けられます。これは、予防接種や健康診断の受診など健康のための一定の取組を行った方を対象に、同税制の対象となる医薬品を12,000円を超えて購入した場合に超過額部分が上限88,000円まで所得控除となる制度です。

通常の医療費控除とセルフメディケーション税制による控除はどちらか一方しか適用できません。また、いずれか一つでも該当する場合は確定申告が必要です。

災害や盗難にあった場合

自然災害や火災、盗難などの被害を受けた場合、雑損控除が受けられます。雑損控除も、年末調整とは別に確定申告が必要です。保険金などで補填される金額がある場合は、その分を差し引いて計算します。

ふるさと納税をした場合

ふるさと納税は、寄附金控除の対象です。寄附金控除は年末調整では受けられないため、確定申告が必要です。

ただし、確定申告をする必要のない給与所得者が、寄附先が5つの自治体以内である場合は、ワンストップ特例制度を利用できます。この制度を使うと、確定申告をしなくても、ふるさと納税をした翌年の6月以降に支払う住民税が減額される形で、控除を受けられます。

年末調整で控除を受ける仕組みではありません。

確定申告が必要になるのは、次のような場合です。

寄付をした場合（日本赤十字社・地方公共団体など）

日本赤十字社や地方公共団体、特定の公益法人などに寄付をした場合も、寄附金控除の対象です。寄附金控除は年末調整で適用されないため、確定申告をしないと受けられません。

適用できる団体は細かく定められているので、心当たりのある団体に寄付をした方は、寄附金控除の対象となるか確認しておくとスムーズです。最近では、寄付型クラウドファンディングで公共団体で募った寄付などが寄附金控除の対象となる場合もあります。

年末調整のミスを修正する場合

年末調整のあとでミスや控除漏れが見つかった場合は、確定申告で修正できます。年末調整で再調整してもらうこともできますが、期限は翌年の1月末までとなっており、過ぎた場合には確定申告が必要です。

うっかり出し忘れた控除証明書が見つかったり、年末調整の後に子どもが生まれたりした場合も修正できます。2年目以降の住宅ローン控除の申請が年末調整に間に合わなかった時も、確定申告で対応すれば控除を受けられます。

年末調整を受けられない場合や受けていない場合は確定申告が必要

年末調整の対象にならない場合や、給与の一部について年末調整を受けていない場合は、その給与について確定申告が必要になります。会社員でも、次のケースが該当します。

• 給与収入が2,000万円を超える場合
• 年の途中で転職し、前の勤務先の源泉徴収票を提出しなかった場合

1年間の給与収入が2,000万円を超える人は、年末調整の対象になりません。給与についても確定申告で税額を精算します。

年の途中で転職した場合は、前の勤務先の源泉徴収票を転職先に提出すれば、転職先の年末調整で前職の給与もあわせて精算されるため、確定申告は原則必要ありません。

提出しなかった場合は、年末調整を受けなかった前職の給与の収入金額と、給与以外の所得の合計が20万円を超えるときに、確定申告が必要です。

年末調整と確定申告を両方やる場合の注意点

年末調整と確定申告の両方を行う際には、以下の点に注意してください。

年末調整が終わってから確定申告書を作成する

年末調整と確定申告の両方が必要なときは、年末調整が終わってから確定申告します。年末調整で発行される源泉徴収票が確定申告時に必要です。

添付しなくても構いませんが、確定申告書の作成時に源泉徴収票の内容を転記するため、あった方がスムーズに作成できます。

確定申告の準備は早めに進めておいた方がいいですが、申告書を仕上げるのは源泉徴収票をもらってからにしましょう。

ふるさと納税のワンストップ特例は使えなくなる

副業や医療費控除などで確定申告をする場合は、ふるさと納税のワンストップ特例は使えません。ワンストップ特例の申請書を提出していても、確定申告をする場合は、ふるさと納税分も含めて寄附金控除を申告する必要があります。

確定申告にふるさと納税分を含め忘れると、寄附金控除を受けられなくなるため、注意しましょう。

片方を忘れるとペナルティがある

年末調整は会社が実施するため忘れることは考えにくいですが、確定申告のし忘れには注意が必要です。

確定申告が必要なのに期限までに申告や納税をしないと、延滞税や無申告加算税などペナルティの対象となります。

延滞税や無申告加算税が発生すると、納めるべき税金以上の額を支払わなければなりません。やむを得ない場合は確定申告の期限延長申請ができるので、放置せずに必ず手続きしてください。

年末調整と確定申告はどちらかだけすればいいと思いがちです。両方が必要なケースもあるため、片方をし忘れることがないよう準備しておきましょう。

年末調整と確定申告、それぞれのやり方と流れ

年末調整と確定申告は、それぞれやり方や行われる時期が異なります。自分に関係のある手続き方法を確認し、ミスや遅れのないように準備してください。

年末調整のやり方

年末調整は会社が主導して実施します。基本のやり方や流れ、スケジュールは以下のとおりです。

従業員側で注意したいのが、会社から配布されない書類についてです。住宅ローン減税用の申告書や各種保険料の控除に必要な控除証明書は、申告者自身が用意しなくてはなりません。

住宅ローン減税の書類は1年目の確定申告が終わってから、保険料の控除証明書は毎年の年末調整までに送られてきます。控除証明書を電子発行している会社もあるので確認しておきましょう。

確定申告のやり方

確定申告は、申告書類の作成から提出、納税もしくは還付までが一連の流れとなります。書類の提出まで自分で行わなければいけません。

会社員が副業や医療費控除などで確定申告をする場合は、年末調整のあとに勤務先から受け取る源泉徴収票や、控除を受けるための証明書などを準備しておきましょう。

確定申告は、対象となる年の翌年に行います。大まかな流れは以下の通りです。

確定申告は年間の収支が確定してから計算するものです。12月分の所得は翌1月に入ることが一般的なので、本格的に確定申告書の作成にとりかかるのは翌年2月あたりからとなります。

それまでに、年間の収支を直近まで記録したり、控除証明書などの添付書類をまとめたりしておきましょう。例年2月16日～3月15日までが申告期間なので、期間内に申告書を提出してください。

継続的に確定申告が必要な場合には、会計ソフトを用いたほうが簡単で便利ですが、確定申告書を使って手動で計算することも可能です。

税額が出たら書類を税務署に提出し、還付金を受け取ったり納税したりします。

【参考】主な所得控除と、年末調整・確定申告での扱い

年末調整と確定申告では、さまざまな控除が適用されます。ただし適用できる控除の範囲が異なるので、注意が必要です。各控除を受ける主な条件と、控除額の目安は以下になります。

ほとんどの控除は年末調整・確定申告のどちらでも受けられますが、医療費控除・寄附金控除・雑損控除の3つは確定申告のみで受け付けています。

ふるさと納税でも利用者の多い「寄附金控除」は、基本的に確定申告のみで適用される控除です。確定申告が不要な給与所得者は、ワンストップ特例制度を使うと、住民税から控除を受けられます（年末調整で控除を受ける仕組みではありません）。

ほかにも、年末調整で住宅ローン控除が受けられるのは2年目からで、1年目は確定申告が必須です。両者で扱っている控除の種類を知っておけば、漏れなく節税対策ができます。

まとめ・年末調整と確定申告の違いを理解して所得税を申告しよう

年末調整は会社員の給与、確定申告はそれ以外の収入と基本的な対象が決まっています。

ただし、会社員なのに年末調整ができないケースや年末調整と確定申告が必要なケースなど、個々の事情によって違うこともあるため注意が必要です。当てはまるかどうか見極め、きちんと申告方法を選びましょう。

申告が必要なのに申告しないと、ペナルティの対象となります。申告の必要があるかを慎重に判断することが必要です。

（編集：創業手帳編集部）