登記上の本店所在地と本社が別の場所でも良いのですか？

結論から言えば、登記上の本店所在地と本社が別の場所でも構いません。
本店とは、登記簿に記載された事業所であり、株式会社に限らずすべての法人は必ず1つの事業所を本店として届け出なければなりません。本店所在地とは、登記上の本店のある住所を示すものになります。
一方、本社は事業を進めていく上で中核を担う事業所のことであり、必ずしも本店と一致させる必要はありません。法律上では、本店がどのような機能を担うかどうかは特に定められていませんので、登記上の本店とは別の事業所を、本社と呼称して事業を行っても問題はありません。また、複数の事業所をそれぞれ本社として呼称することも企業で自由に決めることができます。その場合、大阪本社、東京本社などと区別している企業があります。

そうはいっても、登記上の本店と事業を進める事業所の所在地が異なる場合、色々と考慮しなければいけない事項があります。例えば、住所（生活を行う場）を登記上の本店とする場合は注意が必要です。

登記上の本店は、社会的信用力に影響がある
登記は、取引の安全と円滑を図るために、取引先同士がお互いに必要な情報を記載・開示する手続きです。例えば、企業間で初めて取引を開始する場合には、登記簿上の本店所在地に訪問し事業の実態があるかどうかを確認することは、よく行われています。登記上の本店が自宅である場合には、初めて取引をする相手先に不安や不信を抱かせる懸念があります。

許認可取得が必要な業種は要注意！

自宅を登記上の本店所在地として会社設立する場合、許認可取得が必要な事業を行うときは、注意が必要です。許認可の種類は色々ありますが、「事業専用の部屋を用意する事」が条件になっている場合があります。
例えば、不動産業の場合、事務所はただ用意すればいいというわけではありません。専用出入り口や独立した事務所スペースを設けることが義務付けられ、不動産経営に相応しい形を整えておくことが求められています。本店所在地にきちんとした事務所が無ければ免許の取消し要件に該当し、その事業自体ができなくなってしまいます。

重要な郵便物は本店所在地に届く

税務署の納税通知など官公署からの郵便物や訴状等の裁判所からの郵便物は登記上の本店所在地に送付されます。事業を行う上で重要な郵便物ですので、本店所在地で確実に郵便物を受け取れる体制を整えておく必要があります。本店所在地が自宅である場合、個人あての郵便物に紛れて重要な郵便物の所在が分からなくなってしまう可能性があります。