残業45時間ルールが2026年9月から変更？何が変わったのか中小企業向けに解説

「残業45時間ルール」そのものが変わったわけではない

2026年9月から労働基準監督署による監督・指導の運用が変わります。ただし、残業に関する法律そのものが改正されたわけではありません。
時間外労働の原則上限である「月45時間・年360時間」というルールは、2026年9月以降も従来のまま維持されています。

今回の見直しは、月45時間以内への一律指導が見直されるものです。これは45時間を超えて残業させても問題ない、上限規制が撤廃されたといった意味ではありません。
今後は企業が従業員の健康を守るために必要な対策を講じているかどうかが重視されていく見込みです。2026年9月から何が変わったのか解説していきます。

そもそも残業45時間ルールとは？

そもそも残業45時間ルールとは、労働基準法が定める時間外労働の上限に関する仕組みです。以下では、原則のルールと例外となる特別条項について確認してください。

残業は原則として月45時間・年360時間まで

労基法では時間外労働の上限を原則月45時間、年360時間と定めています。
さらに、法定労働時間は原則として1日8時間・週40時間と定められており、法定労働時間を超える労働には36協定の締結が求められます。

36協定を締結する場合は労働基準監督署への届け出が必要であり、届け出をしないまま時間外労働をさせることは違法です。
また、36協定を締結した場合でも、時間外労働は原則として月45時間・年360時間までで変わりません。

特別条項付き36協定なら45時間を超えられる場合がある

36協定には、一般条項と特別条項があります。設定できる残業時間の上限が異なり、一般条項では、原則1カ月45時間、1年で360時間です。
臨時的な特別の事情がある場合に限り、特別条項付き36協定を締結することで月45時間を超える残業が認められます。
ただし、特別条項を用いる場合でも、時間外労働は年720時間以内、時間外労働と休日労働の合計は単月100時間未満に抑えなければいけません。

また、時間外労働と休日労働の合計は2～6カ月平均で80時間以内とし、月45時間を超えられるのは年6カ月までと定められています。

2026年9月から残業45時間をめぐる運用は何が変わった？

2026年9月からは、労働基準監督署による監督・指導の運用が見直されました。具体的にどのような点が変わったのか、以下で詳しく解説していきます。

「45時間以内」を求める一律的な指導が見直された

厚生労働省は2026年8月19日、労働基準監督署による時間外労働の一律的な指導を9月1日から見直すと公表しました。
従来は特別条項付き36協定の範囲内であっても、時間数だけに着目して月45時間以内に抑えるよう一律に指導されるケースが見られていました。

2026年9月以降は、時間数のみに着目した一律の指導を見直し、企業の実態や労使の合意を踏まえた指導へと運用が変更されます。
ただし、月45時間の法規制がなくなったわけではなく、あくまでも一律で行っていた指導が取りやめになりました。

今までは36協定の特別条項の上限内であるにもかかわらず、機械的に月45時間以内への削減を強いるような運用も見られました。
一律的な指導を見直し、企業の実態や労使の合意、健康確保措置の実施状況などを踏まえた指導を行うことが今回の見直しの目的です。

労働時間だけでなく健康確保措置なども重視される

見直し後の監督指導では、単に「月45時間を超えたかどうか」だけでなく、36協定の内容や運用状況も確認対象です。
具体的には、36協定で定めた労働者の健康及び福祉を確保するための措置の実施状況が、重点的に確認 されます。

つまり、運用ルールが変わってからも過重労働による健康障害のおそれが高い事業所には引き続き厳格な指導が行われます。
一律の指導がなくなるからといって企業の労働者に対する残業管理が不要になったわけではありません。

【比較表】2026年9月の見直しで変わったこと・変わらないこと

2026年9月の見直しで変わるのは労働基準監督署の指導方法であり、時間外労働の上限そのものは従来どおり変わりません。
つまり、月45時間・年360時間という原則上限や、特別条項による年720時間・単月100時間未満などの上限は、見直し後も維持されます。
2026年9月以降に変わるのは労基署が確認する内容です。時間数だけでなく健康確保措置の実施状況を踏まえて必要な指導が行われるようになります。

以下では、何が変わって何が変わらないのかを一覧でまとめました。

「残業45時間を超えても大丈夫」になったわけではない

今回の見直しはあくまで指導方法の変更であり、残業の上限規制が緩和されたわけではありません。以下では、誤解しやすいポイントを整理します。

36協定なしで法定労働時間を超えて残業させることはできない

法定労働時間を超えて残業させるには36協定の締結・届け出が必須です。これは今回の見直し後も変わっていません。

特別条項のない通常の36協定では、時間外労働は原則として月45時間・年360時間までしか認められていません。
今回の運用見直しを「残業規制が撤廃された」と誤解し、36協定なしで残業をさせることのないようにしてください。

今回の見直しの前提として、そもそも36協定が適法に締結・届け出がされている必要があります。
36協定を締結せずに法定労働時間を超えて労働させた場合は労働基準法違反となり、罰則の対象となります。

特別条項があっても無制限に残業させることはできない

特別条項付き36協定を締結していても、時間外労働を無制限に行わせることは労働基準法上認められていません。
特別条項を利用する場合でも、年720時間以内、単月100時間未満、月45時間を超えるのは年6カ月までという上限が設定されています。

また、特別条項付き36協定を締結する場合は、限度時間を超えて労働させる労働者に対する健康及び福祉を確保するための措置を定める必要があります。
協定に記載した健康確保措置を実施した時には正しく記録に残すことを忘れないようにしてください。

長時間労働による健康障害への対応も必要

企業は法令上の上限時間を守るだけでなく、長時間労働による健康障害の防止にも取り組む必要があります。
労働時間の把握と従業員の健康管理は一体で考えるべき事項であり、切り離して管理することはできません。

一定の要件を満たす長時間労働者に対しては、医師による面接指導を実施することが法令上求められています。
また、勤務シフトの見直しや代わりの休日の付与などの措置も必要に応じて導入してください。

2026年9月の見直しを受けて中小企業が確認したいこと

今回の運用見直しを受けて、中小企業はどのような対応が必要になるのでしょうか。以下のポイントを中心に、自社の労務管理のルールを点検してください。

36協定・特別条項の内容を確認する

見直しに当たって、まずは自社が現在届け出ている36協定の内容を確認し、特別条項の有無や上限時間を把握することが第一歩です。
特別条項を締結している場合には、月45時間を超える残業が発生する月数が年6カ月以内に収まっているかを確認してください。

すでに届け出ている36協定の内容と実際の勤務状況に乖離があれば指摘される可能性もあります。あわせてチェックし、乖離がある場合には早めに対処してください。

従業員の労働時間を正確に把握する

中小企業は従業員の労働時間を正確に把握しなければいけません。
勤怠記録だけでなく、PCのログイン・ログオフ時刻なども参考にしながら、実際の労働時間を適切に把握してください。

また、労働時間の実態を知るには自宅への持ち帰り業務など、勤怠記録に反映されていない労働がないかも確認してください。
企業は実際の労働時間を適切に把握しておかなければいけません。

労働基準法上の管理監督者についても、健康管理の観点から労働時間の状況を把握する必要があります。
漏れがないように労働時間を正確に把握した上で、是正が必要かどうか判断します。

長時間労働者への健康確保措置を確認する

従業員の労働時間を把握した上で、36協定で定めた健康及び福祉を確保するための措置が、実際に運用されているかを改めて確認してください。

産業医との面談など制度上では健康確保措置を定めていても、実際には実施していないというような状況があればすぐに対策してください。
今回の見直し以降、事業者に従業員の健康を確保する措置が行われているかどうか、実態に応じた監督指導が行われます。

面接指導や健康相談の実施にあたっては、産業医や医師と連携できる体制を整えておくのが理想です。
また、長時間労働者へのフォロー体制や就業規則も見直してください。健康確保措置を実施した場合には、実施状況を記録・保存しておいてください。

「45時間を超えられる」前提で人員配置を組まない

今回の見直しは恒常的に月45時間を超える残業を前提とした働き方を認めるものではありません。残業月45時間、年間360時間の上限規制はこれからも維持されます。

今回の見直しによって行われるのは、法改正ではなく監督指導の運用見直しです。
特定の部署で慢性的に月45時間を超える残業が発生しているといった場合には、業務量や人員配置そのものを見直して、根本的な解決が求められます。
業務効率化やITツールの導入、必要に応じたスタッフの採用なども含めて、長時間労働の解消に取り組むようにしてください。

残業45時間ルールについてよくある質問

残業時間のルールは、企業活動と労働者保護のバランスを取るために必要です。最後に残業45時間ルールに関して中小企業からよく寄せられる疑問に、Q&A形式でお答えします。

2026年9月から月45時間以上残業させてもいい？

月45時間を超える残業をさせるには、従来どおり特別条項付き36協定を締結していることが前提となります。
今回の見直しは労基署の指導方法の変更であり、月45時間という上限自体が引き上げられたわけではありません。

特別条項がない状態で月45時間を超えて残業させることは、2026年9月以降も違法となる点や残業時間の上限規制には変わりはありません。

月45時間を1回でも超えたら違法になる？

月45時間を超える残業が直ちに違法となるわけではありません。
ただし、特別条項の範囲を超える場合や、36協定を結ばずに月45時間を超える時間外労働をさせた場合は違法となります。

加えて特別条項を用いる場合であっても、月45時間を超えられるのは年6カ月までという上限があることに注意してください。

36協定を結べば何時間でも残業させられる？

36協定さえ結んでいればどれだけ時間外労働をしても良いというのは間違いです。36協定を締結しても、時間外労働を無制限に行わせることは労働基準法上認められていません。

通常の36協定では、時間外労働は原則として月45時間・年360時間までという上限が設けられています。
特別条項を付けた場合でも、年720時間以内、単月100時間未満などの上限を超えることはできないので注意してください。

残業45時間を超えられるのは年間何回まで？

特別条項付き36協定を締結している場合でも、月45時間を超えられるのは年6カ月までと定められています。
7カ月以上にわたって月45時間を超える残業をさせることは、特別条項付き36協定であっても認められていません。

加えて、年間の残業時間についても720時間以内という上限が設けられています。
月数だけでなく年間の合計時間の基準もあるので、従業員の労働時間については正確に把握するようにしてください。

今回の変更で36協定を結び直す必要はある？

今回のルール運用の見直しは労基署の指導方法の変更であり、そのこと自体を理由に36協定を結び直す必要はありません。

しかし、現在の36協定の内容が実態と合っていない場合は、この機会に見直しを検討してください。
制度として存在していても、36協定に定めた健康確保措置が形骸化している場合もあります。
36協定の変更や運用の見直しとあわせて、健康確保措置についても検討してください。

まとめ｜残業規制の緩和ではなく「監督指導の運用見直し」

2026年9月の見直しは、残業時間の上限規制そのものを緩和するものではなく、労基署の監督・指導の運用を見直す内容です。
月45時間・年360時間という原則や、特別条項による年720時間などの上限は、見直し後も従来どおりに維持されています。
この見直しを受けて、中小企業も状況に応じた対応が必要です。自社の36協定の内容や健康確保措置の実施状況を改めて点検し、適切な労務管理を続けてください。

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（編集：創業手帳編集部）