なぜ法人は赤字でも税金を払うの？均等割の仕組みをわかりやすく解説

赤字でも届く税金の正体は法人住民税の「均等割」

事業は、黒字の時もあれば赤字になる可能性もあります。赤字で固定費が重くのしかかる法人も少なくありません。
加えて、よく見られるのが「赤字なのに税金の納付書が届いた」と驚くケースです。赤字なら法人税は基本的にかかりません。しかし、法人住民税の「均等割」は別です。

この記事では、赤字でも税金が発生する理由と、均等割の基本をわかりやすく解説します。

赤字でも税金がかかる理由は「均等割」があるから

法人税は、課税所得に対してかかる税金です。そのため、赤字で課税所得がゼロの場合は法人税額が発生せず法人税割も原則発生しません。
しかし、法人に関係する税金がすべてゼロになるわけではなく、法人住民税の「均等割」という別の税金が存在する点に注意してください。

均等割は利益の有無に関わらず、法人がその自治体に事務所などを置いていること自体に課税される仕組みです。
つまり、事業成績が悪くて赤字でも均等割の支払いが発生します。

法人住民税は「法人税割」と「均等割」に分かれる

法人住民税は性質の異なる2つの税で構成されています。それぞれ課税の仕組みと納付義務の発生条件が異なるので把握しておきましょう。

法人税割は利益に応じて変わる

法人税割は、国に納付した法人税額をもとに計算される地方税であり、利益と連動して金額が変わります。
赤字で法人税額がゼロになった場合、法人税割も原則としてゼロとなり、納付は不要です。

法人税割の税率は都道府県民税と市町村民税に分かれており、それぞれ自治体ごとに定められています。均等割とは違って、儲かっている法人ほど税額が高くなる構造です。

均等割は赤字でも発生する

法人税割は、黒字の法人のみが支払います。一方で、均等割は利益に関係なく課税されるため、創業初年度や赤字決算の年であっても納付義務が生じます。

税額は資本金等の額と従業員数の組み合わせによって決まり、法人の規模に応じて段階的に設定される構造です。
「赤字なのに税金がかかる」と感じる原因のほとんどはこの均等割であり、法人維持にともなう固定的な負担として理解しておかなければいけません。

法人住民税の均等割はいくら？小規模法人は年7万円程度が目安

均等割の金額は法人の規模によって異なります。
しかし、小規模法人の場合は都道府県民税と市町村民税の合計で一定の目安があるので、どの程度の金額が発生するのか確認しておきましょう。

資本金1,000万円以下・従業員50人以下なら年7万円程度

資本金1,000万円以下かつ従業員50人以下の法人では、市町村民税の均等割と都道府県民税の均等割を合算すると 小規模法人の標準的な負担額は年間7万円程度となります。

東京都23区内の法人は都の特例として、市町村民税相当分も含めた申告・納付先が都税事務所に一本化されており、他の地域とは手続きが異なります。
市町村にある法人は都税事務所・支庁に都民税を申告して納め、各市町村役場で市町村民税を申告して納める形なので、どちらに該当するか確認しておきましょう。

資本金や従業員数が増えると均等割も高くなる

均等割は資本金等の額と従業員数の組み合わせによって段階的に区分されていて、規模が大きくなるほど税額が増えます。
例えば、資本金10億円超・従業員50人超の法人の場合、市町村民税の均等割だけで年300万円に達します。

法人設立時の資本金の設定は均等割の負担額にも影響するため、税負担の観点からも慎重に検討してください。

設立初年度の均等割は月割りで計算される

設立初年度は事業年度が1年に満たないケースも多くあります。設立初年度は均等割の計算方法が通常と異なる点を押さえておくようにしてください。

1年分まるごとかかるとは限らない

均等割は事業年度の月数に応じた月割り計算が適用されます。そのため設立初年度は年額の全額がかかるわけではありません。
月割で計算するので、その年の事業年度が6カ月であれば、均等割の負担額は年額のおよそ半分程度です。

決算月をいつに設定するかによって初年度の均等割負担額が変わります。決算月を決める設立時に意識しておくようにしてください。

税金だけで設立日を決めるのは避ける

均等割の負担を減らすためには、設立日を遅らせる方法もあります。しかし、設立日の設定は事業開始のタイミングや機会損失との兼ね合いで判断しましょう。

決算月の設定は消費税の免税期間の判定や決算作業の繁忙期とも関係するため、均等割だけを基準にするのは適切とはいえません。
均等割の金額が少なくなるといっても、設立初年度だけのことです。

決算業務に挑む人員体制も考慮した上で決算日は設定しなければいけません。
設立日や決算月は事業計画全体のバランスを考慮したう上決定することが、長期的な経営にとって重要です。

赤字でも申告・納付を忘れてはいけない

赤字で納税がない場合でも申告義務は存在しています。納税額が無くても期限を守らないと税務上の不利益が生じるリスクがあるので忘れずに手続きを行いましょう。

赤字でも法人の申告は必要

法人税および法人住民税の申告は赤字であっても原則必要です。申告を省略することはできません。また、赤字申告自体にもメリットがあります。

青色申告法人が期限内に申告を行うことで欠損金の繰越控除が適用できるので、翌期以降の黒字と相殺して税負担を軽減できるケースがあります。
赤字の申告を怠ると欠損金の繰越しが認められないリスクがあるので、赤字でも期限内に申告を完了させるようにしてください。

期限を過ぎるとペナルティが発生する可能性がある

法人住民税の納付が期限を過ぎてしまうと延滞税が発生することがあります。税額が少額であっても無視できない追加負担になるので避けてください。

さらに、法人税の無申告が継続すると、青色申告承認の取消しを受ける可能性があります。
青色申告の承認が取り消されれば、青色申告の控除などの税制優遇も活用できません。

均等割を支払わなくても大したペナルティにはならないと楽観視する人もいるかもしれません。
しかし、申告忘れ、税金の支払いを拒否した場合に生じる不利益は、均等割額をはるかに上回るリスクがあります。

均等割を払わなくてよいケースはある？

均等割には一定の免除・減免規定が存在しています。適用される条件は限られており、誤解のないよう正確に理解しておきましょう。
以下では、均等割が減免される可能性があるケースを紹介しています。

営業中の法人は原則として均等割がかかる

法人として事業を継続している限り、売上の有無や利益の多少に関係なく、均等割の納付義務は原則として生じます。
「売上げがほぼゼロだから免除されるはず」という理解は誤りであり、営業実態があれば課税対象から外れることはありません。

しかし、一定要件に該当すれば均等割が免除されるケースはあります。
均等割についての手続きは地方によって異なるので、減免・課税免除の基準や制度の有無は自治体のホームページを確認するか、実際に問い合わせてみましょう。

ただし、均等割の免除は法人の事業継続を前提としては認められていません。免除を受けるには事業の停止などの手続きが必要です。

休眠会社は減免・免除される場合がある

事業を実質的に停止している休眠法人は、都道府県・市区町村への届け出を行うことで均等割の減免・免除の対象となる場合がありますが、対応は自治体ごとに異なります。

上越市では法人設立異動申告書に休業の旨を記載して提出すれば、それ以降の均等割の申告は不要です。事業を再開した場合には、その旨を記載して提出します。
名古屋市では6カ月以上引き続いて事業を中止中の法人は均等割額の2分の1の減免対象になるものの、申告納付期限までに減免申請書を提出しなければ減免は適用されません。

このように手続きの期限や条件も自治体によって異なります。
休業中の均等割の取扱いだけでなく必要な手続きも違うので、必ず該当の自治体のルールを確認してください。

よくある質問

法人に関わる税金は、個人に課せられる税金と大きく異なるため、わかりにくく感じることがあります。ここでは、法人に課せられる税金についてよくある質問をまとめました。

Q：法人税と地方法人税の違いは？

A：同じ国税ですが、計算方法や税金の使い道が違います。

法人が納める税金は、主に法人税と地方法人税に分けられます。地方法人税は、法人税額（各種控除等を反映した基準法人税額）をベースに計算される国税です。
2026年現在、地方法人税は、基準法人税額に10.3％を乗じて計算されています。法人税額は、課税所得に所定の法人税率を乗じてから控除を差し引いて計算します。

地方法人税の目的は、地方財源の偏りをなくして地域格差を調整することです。
名前に地方とついているため、地方自治体に納める税金と思われがちですが、実際には国税なので国に納めます。

法人税と地方法人税は使い道も違います。法人税は、国債費や社会保障関係費として使われる一方で地方法人税は、それぞれの地方自治体に交付金として分配されます。

Q：法人税には均等割がないのに、法人住民税に均等割があるのはなぜ？

A：地方自治体が提供する行政サービスに対応している（応益課税）ためです。

法人が活動していれば地方自治体の行政サービスを利用します。
資本金の額や従業者が大きくなればなるほど行政サービスの利用規模や恩恵が大きくなると考えられており、より大きな負担が求められる構造です。
地方自治体が提供する行政サービスの費用を広く負担する趣旨で、均等割が設けられています。

Q：法人事業税と法人住民税の違いは？

A：課税対象や、赤字の時の扱いが違います。

法人事業税と法人住民税はいずれも地方税ですが、性質はまったく異なります。
法人事業税は法人が行う事業そのものに対して課され、法人住民税は地域社会の構成員としての法人に対して課される税金です。

また、法人事業税は都道府県に対して納めますが、法人住民税は都道府県・市町村のそれぞれに納める税です。
法人事業税は各事業年度の所得等を基準として課される税金であり、法人住民税とは課税の趣旨が異なります。
各事業年度の所得に課税されるので赤字の場合は法人事業税は発生しません。 一方、法人住民税は赤字であっても「均等割」の納税義務が残ります。

Q：法人住民税の納税義務者にはどのような種類がある？

A：主に、地方自治体内に事務所や事業所を設けて事業を行っている法人が該当します。

具体的には、株式会社、合同会社、有限会社などの普通法人が該当します。
そのほか、協同組合や、収益事業を行う人格のない社団・財団なども条件に応じて納税義務者となります。

Q：収益事業とは何？

A：収益事業とは、販売業、製造業その他の政令で定める事業です。

法人税上の収益事業とは、販売業や製造業のほか、不動産の貸付、そのほか法人税法施行令第5条に列記されている事業です。
社会通念上の営業行為の大部分が収益事業に含まれます。

Q：NPO法人も法人住民税の納税が必要？

A：地方によって免除されることがあります。

収益事業を行わないNPO法人（特定非営利活動法人）は、地方税法上は均等割の納付義務がありますが、自治体の条例によって課税免除または減免の対象となる場合があります。

山形市のように収益事業を行わないNPO法人について法人市民税均等割の課税免除を受けることができるなど、独自の条例を設けている自治体もあります。
また、須賀川市では収益事業を行わない公益社団法人・公益財団法人・認可地縁団体・NPO法人について均等割の申告納付義務はあっても市税条例で減免の対象としています。

制度の有無や手続きの詳細は自治体ごとに異なるので、確認してください。

Q：会社を休業したら何か役所で手続きが必要？

A：税務署や行政機関で書類を提出します。

税務署のほか、都道府県税事務所や市区町村にも休業に関する届け出が必要になる場合があります。
従業員がいる場合には、労働基準監督署やハローワーク、年金事務所での書類提出も行いましょう。

休業していても会社が存続しているので税務申告が求められます。休業中の均等割の取扱いは各自治体によって異なるので確認してください。

まとめ｜均等割は法人を維持するための固定費として考えよう

均等割は利益の有無に関係なく課税される税金であり、法人を維持する限り発生し続ける固定費として認識しなければいけません。
法人化を検討する際は、法人税だけでなく均等割を含めた固定費を把握した上で判断することが大切です。
小規模法人であれば、都道府県民税と市町村民税を合わせて年7万円程度が目安です。資本金や従業員数が増えると段階的に負担が大きくなります。
赤字でも申告・納付の義務は続くため、期限管理を徹底してください。休眠を検討する場合は税務署・都道府県・市区町村への届け出を漏れなく行いましょう。

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（編集：創業手帳編集部）