インボイス登録すると個人事業主はどうなる？メリット・デメリットをわかりやすく解説

売上1000万円以下の個人事業主はインボイス制度に登録しないとどうなる？

インボイス制度は、制度自体が複雑でわかりにくいため、「説明を受けてもよくわからない」と思われる方も少なくないでしょう。

しかし、インボイス制度はすべての個人事業主が対応を迫られる制度であり、事業の存続にも関わるとても重要な制度です。

そこで本記事では、まだインボイス制度の概要を理解されていない個人事業主の方に向けて、個人事業主の方が理解しておくべきインボイス制度の概要や、インボイス制度のメリット・デメリット、インボイス制度に登録すべきかどうかなど、まとめてご説明します。ぜひ参考にしてみてください。

個人事業主は、インボイス制度を導入するとどうなる？

インボイス制度では、個人事業主にとって登録する場合としない場合で以下の違いがあります。

課税事業者とは、消費税を納付する義務のある法人や個人事業主のことです。一方で、免税事業者は消費税納付の義務はありません。

インボイス発行事業者として登録すると、免税事業者だった方も課税事業者に切り替わります。その結果、原則として消費税の申告・納付が必要になります。インボイス制度では、受注側が適格請求書（インボイス）を発行し双方が保存することで、取引先側は消費税の仕入税額控除を適用できます。

しかし、登録していない個人事業主はインボイスを発行できないため、取引先側は原則として仕入税額控除を適用できません。取引先によっては、取引の見直しを検討する可能性があります。

ただし、経過措置により一定の割合までは控除できます。その割合は令和8年度税制改正で見直され、次のように段階的に下がります。

• 2026年9月30日まで：80%
• 2026年10月1日〜2028年9月30日：70%
• 2028年10月1日〜2030年9月30日：50%
• 2030年10月1日〜2031年9月30日：30%
• 2031年10月1日以降：控除できない

そのため、個人事業主は課税事業者となり消費税を支払うか、免税事業者のままで取引が減るリスクを許容するかを選択する必要があります。では、具体的にインボイス制度とはどのような制度でしょうか。わかりやすくご説明します。

インボイス制度とは、わかりやすく言えば、請求書の発行・受領の方法と、消費税納税の仕組みをこれまでと変更する制度です。今まで請求書を発行する際には、商習慣としてある程度の型はあるものの、必要事項さえ記載されていればフォーマットなどはある程度自由に発行することができていました。

しかし、インボイス制度が導入されてからは、インボイス制度に登録する事業者は、請求書を発行する際に定められた記載事項を満たして請求書を発行しなければなりません。

なお、必要な記載事項を満たして発行される請求書のことを、インボイス（適格請求書）と呼びます。

個人事業主はインボイス制度に登録しないと不利になる？

インボイス制度に登録していないからといって、必ずしもすべての個人事業主が不利になるわけではありません。企業との取引では、インボイス登録の有無が取引条件を判断する材料のひとつになる場合があります。

特に、取引先が仕入税額控除を重視している場合には、インボイスを発行できる事業者との取引を希望する可能性があります。そのため、登録しない場合は、取引の継続や価格などの取引条件に影響する可能性も考慮しておきましょう。

一方で、インボイス制度への登録は任意です。自身の取引先や事業形態、登録後の消費税負担などを踏まえて判断することが大切です。

インボイス制度について個人事業主が持つ「2つの選択肢」

インボイス制度の開始後は、次の2つの選択を迫られることになります。

2の場合、インボイス制度に登録しないため、請求書は今まで通りのものを発行し、発注事業者に渡すことになります。

売上1000万円以下の個人事業主は必ずインボイス制度に登録すべき？

さて、それでは売上1,000万円以下の個人事業主の方々はみな、インボイス制度に登録すべきなのでしょうか。

BtoB取引では、取引先が一般課税で仕入税額控除を重視する場合、インボイス登録の有無が取引条件に影響する可能性があります。登録すれば、要件を満たす取引先は仕入税額控除を受けられるため、取引条件を維持しやすくなる場合があります。

一方、登録すると原則として消費税の申告・納付が必要になるため、取引先への影響と自身の税負担を踏まえて判断することが大切です。

しかしながら、個人事業主が全員インボイス制度に登録しなければならないわけではありません。

例えば、企業ではなく、個人消費者のみを相手に少額の商品を売ってビジネスをしているような個人事業主であれば、商品を売る際に請求書を発行するようなことも少ないでしょう。

そのようなケースでは、インボイス制度に登録しなくとも特に不都合はないかもしれません。

創業手帳が作成した「インボイス登録ガイド」では、職種別によるインボイス登録をどう考えていくべきか参考になるケーススタディを掲載しています。

また、登録すべきかどうかフローチャートにて判断の参考になるものも掲載しています。無料でご利用できますので、是非ご活用ください。

インボイス制度に個人事業主が登録する「3つのメリット」

世間一般のイメージとして、個人事業主にとって「インボイス制度＝デメリットしかない」と思われていますが、個人事業主が登録するメリットも当然あります。

ここでは、個人事業主がインボイス制度に登録する「3つのメリット」をわかりやすくご説明します。

メリット1：インボイス開始後も継続して発注がもらえる

個人事業主がインボイス制度に登録することで、インボイスを発行できるようになります。

すると、個人事業主が発行したインボイスがあることで、一般課税で申告する取引先は、要件を満たせば仕入税額控除を受けられます。

この控除を受けられるかどうかは、事業者側が取引先を選ぶ際の判断材料の1つになるでしょう。つまり、既存の取引先とそのまま取引を継続しやすいことがインボイス制度に登録するメリットです。

この反対に、インボイス制度に登録していないと、既存顧客から継続発注を止められたり、単価を下げられたりする可能性もあるので、慎重に検討しましょう。

メリット2：インボイス登録が新しい取引先を獲得するチャンスになる

売上が1,000万円以下の個人事業主は、インボイス制度への登録は任意ですので、中には、登録せずに業務を継続する個人事業主もいるでしょう。

前述のとおり、免税事業者からの仕入れについて取引先が控除できる割合は2026年10月以降段階的に縮小します。今後、登録している個人事業主と取引する場合との控除割合の差は大きくなっていきます。

そこで、インボイス制度の開始後は、個人事業主にとって「インボイス制度に登録していること」自体が1つの差別化ポイントになると考えられます。

インボイス制度に登録していることを自身の強みの1つとして積極的にアピールして、新しい顧客や新しい案件の獲得に動き出しましょう。

メリット3：電子インボイスにより業務を効率化できる

インボイス制度では、データによる電子インボイス（※2）の送付や保管が認められています。共通仕様に対応したデジタルインボイスを利用すると、異なるシステム間での送付においても、自動で算出しやすくなります。

これにより、請求書を電子データとして管理・保管しやすくなることも、個人事業主がインボイス制度に登録するメリットの1つです。電子インボイスにより、請求書を紙に印刷・郵送する手間や保管スペースを削減できます。

※2：電子インボイス・・・インボイス制度で導入さたる適格請求書（インボイス）を電子化したデータ。

インボイス制度に個人事業主が登録する「3つのデメリット」

一見、デメリットしかないと思われていたインボイス制度には、個人事業主にとってのメリットもあるとお分かりいただけたのではないでしょうか？しかし、当然、個人事業主にとってのデメリットもあります。

インボイス制度への登録は、メリットとデメリットを比較して考えるべきです。そこで、ここからは個人事業主がインボイス制度に登録する「3つのデメリット」を解説します。

デメリット1：インボイスにより経理業務が煩雑になる部分もある

インボイス制度に登録することで、インボイス制度開始後は、従来使っていた請求書の書式が使えなくなり、制度で決められた書式のインボイス（適格請求書）を発行しなければいけません。

これにより、請求書に必要事項を追加したり、「登録番号」「適用税率」「消費税額等」を記載しないといけなかったりと、経理担当者の手間が増えるデメリットが考えられます。

デメリット2：インボイスにともない新たな経理システムの導入を検討する必要がある

インボイス制度への登録に伴い、一部の経理業務が煩雑になる可能性があるため、インボイス制度に正しく対処するためのシステムも次々と開発されています。

個人事業主がインボイス制度に登録して、経理業務が煩雑になったと感じた際には、システムの導入を検討する必要があります。

システムを導入するには、当然コストが発生しますし、どのシステムを導入するかを検討する作業が増えることもデメリットの1つです。

デメリット3：売上1000万円以下の個人事業主でも消費税を納付しなければならない

免税事業者である個人事業主がインボイス制度に登録すると、課税事業者に移行することになります。つまり、今まで免除されていた消費税を納付しなければならなくなります。

一部の経過措置はありますが、納税金額が上がることは、売上が1,000万円以下の個人事業主にとっては、これだけでも大きなデメリットです。

• 2026年分：2割特例（売上にかかる消費税額の2割を納める）
• 2027年分・2028年分：3割特例（売上にかかる消費税額の3割を納める）

たとえば売上にかかる消費税額が50万円なら、納める額の目安は2割特例で10万円、3割特例で15万円です。

2割特例は、インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者になった方が使えます。事前の届出は不要で、個人事業主が2割特例を適用できるのは2026年分までです。

3割特例は令和8年度税制改正で新設され、2割特例とは要件が異なります。主な要件は以下のとおりです。

• 個人事業主であること
• 適用を受ける年の2年前の課税売上高が1,000万円以下であること
• 登録によって免税事業者から課税事業者になったこと

それぞれの特例については以下の記事で解説しています。
インボイス制度の緩和措置「2割特例」とは？対象条件やメリット・注意点まで解説

インボイス制度の「3割特例」とは？経過措置の内容や要件、ポイントなどを詳しく解説

売上1,000万円以下の個人事業主がインボイス制度に登録する方法

個人事業主がインボイス制度に登録する流れは、以下の通りです。

1.インボイス制度の基本項目チェックシートを確認する
2.適格請求書発行事業者の登録申請をする
3.発行した適格請求書の写しを保存する
4.インボイス制度に対応する帳簿付けをする
5.消費税の確定申告を行う

1.インボイス制度の基本項目チェックシートを確認する

まずは、国税庁の「インボイス制度への事前準備の基本項目チェックシート」を確認しましょう。
取引先がインボイスを必要としているか確認し、登録した場合としない場合の影響を検討してください。

2.適格請求書発行事業者の登録申請をする

インボイス制度に登録することが決まったら、適格請求書発行事業者の登録申請を行います。

申請は、e-Taxまたは書面で行えます。書面で申請する場合は、所轄地域を担当する「インボイス登録センター」へ郵送します。登録希望日を指定する場合は、原則として申請書の提出日から15日以降の日を指定します。申請書の登録希望日は、提出日から15日以降の日を指定してください。

3.発行した適格請求書の写しを保存する

インボイス制度の登録が完了すると、「登録通知書」が交付されます。取引先から依頼された適格請求書を発行し、写しを保存しましょう。

4.インボイス制度に対応する帳簿付けをする

帳簿はインボイス制度に対応した形式で作成する必要があります。仕入れにかかる適格請求書とそれ以外の取引を区別できるようにしてください。

5.消費税の確定申告を行う

インボイス制度に登録し、適格請求書発行事業者になったら、消費税の納付が必要です。
消費税の申告は、課税が対象となる期間の翌年の1月1日から3月31日までとなります。納付期限は、課税対象期間の翌年の3月31日までです。
申告や納付が遅れるとペナルティがあるため、注意してください。

個人事業主のインボイス制度に関するよくある質問

個人事業主に関するインボイス制度でよくある疑問を紹介します。今後の事業に影響を及ぼす可能性があるため、疑問点は解消しておきましょう。

個人事業主のインボイス制度への登録は義務ではない

インボイス制度に登録するのは、個人事業主の義務というわけではありません。

あくまでも、それぞれの個人事業主に登録するかどうかの判断は委ねられています。そのため、必ず登録しなければならないわけではないです。

しかしながら、上述したように、インボイス制度に登録しなければ、多くの個人事業主は取引の継続を断られてしまうことでしょう。

特に自身の立場が企業よりも弱くなりやすい大企業が相手のようなケースですと、インボイス制度に登録していない個人事業主は取引が継続できなくなる可能性が高まります。

収入的に余裕があるのであれば、インボイス制度に登録して、消費税も納税する課税事業者になる方が無難と言えます。

インボイス制度で個人事業主を廃業する人も出る？

インボイス制度には反対する声が多数あります。その筆頭が、アニメ業界です。
アニメ業界で働く声優やアニメーターなどの多くはそこまで多くはない収入に甘んじながらも、作品制作を続けられています。

特に、年収100万円台で働くようなクリエイターも多く、そのようなクリエイターの多くは「インボイス制度を導入すれば廃業せざるを得ない」といいます。

他の業界でも、収入があまり多くはない事業者であれば、インボイス制度導入をきっかけに廃業する方もいるでしょう。
それだけ、消費税10%を納税するのは大変な負担であるということです。

インボイス制度に抜け道はある？

残念ながら、インボイス制度に抜け道はありません。

インボイス制度の抜け道というのは、インボイス制度に登録しなくても、インボイス制度に登録しないデメリットを享受することがない方法という意味かと思いますが、しかしそういった方法はないです。
インボイス制度はすべての個人事業主が登録するかしないかの2択を迫られる制度です。

上述してきたように、インボイス制度に登録すればこれまで通りに取引を継続できる可能性は高まるけれども、その一方で消費税を納税しなくてはなりません。
逆にインボイス制度に登録しない場合には、消費税を納税しなくても良いけれども、その一方で取引のある大企業などからは取引を打ち切られる可能性が高いです。
そのどちらかの選択肢しかありません。

インボイス制度に関する無料相談できる場所はある？

インボイス制度についてわからない点がある際には、国税庁によるインボイスコールセンター（インボイス制度電話相談センター）の活用がおすすめです。

フリーダイヤルで基本的に電話料金はかかりませんが、一部の電話機では料金が発生する場合があります。受付は、土日祝日および年末年始を除く平日9時～17時までです。

個人事業主向けのインボイス制度対応の補助金制度について

個人事業主がインボイス制度に登録すると、消費税の支払い義務が生じます。
帳簿付けを簡単に行うためにシステムの導入を検討している場合は導入費用がかかるため、インボイス制度対応の補助金の活用を検討してみてください。

デジタル化・AI導入補助金2026（旧IT導入補助金）

デジタル化・AI導入補助金2026（旧IT導入補助金）は、会計・受発注・決済のいずれか1つ以上（補助額が50万円を超える場合は2つ以上）の機能を持つソフトウェアの導入費用を補助します。個人事業を含む中小企業・小規模事業者等が対象で、インボイス対応に使えるのは「インボイス枠（インボイス対応類型）」です。補助率は、次のとおりです。

• 補助額50万円以下の部分：4分の3以内（小規模事業者は5分の4以内）
• 補助額50万円を超え350万円以下の部分：3分の2以内

パソコンやレジなどのハードウェアも、ソフトウェアと併せて申請すれば補助の対象になります。交付申請は受付中です（2026年9月現在）。締切は複数回に分かれており、最新の日程は公式サイトで公開されています。

小規模事業者持続的発展支援事業補助金（小規模事業者持続化補助金）

小規模事業者持続的発展支援事業補助金は、個人事業主やスタートアップ、ベンチャー企業向けの補助金です。

インボイス制度に登録する事業者向けに「インボイス特例」が設けられており、通常枠の上限50万円に50万円が上乗せされ、最大100万円まで補助が受けられます。賃金引上げ特例も満たす場合は、最大250万円です。

個人事業主はインボイス制度を正しく理解し、計画的に準備を！

以上、個人事業主向けにインボイス制度をわかりやすくご説明しました。

インボイス制度は、請求書の発行方法と、消費税の納税方法について変更するための制度です。2023年10月にインボイス制度が開始され、すべての個人事業主が登録するか否かを選ぶことになりました。

インボイス発行事業者として登録すれば、適格請求書を発行でき、要件を満たす取引先は仕入税額控除を受けられます。一方、免税事業者が登録した場合は課税事業者となり、原則として消費税の申告・納付が必要になります。

免税事業者のままであれば消費税納税の必要はありませんが、企業との取引を継続できない可能性もあります。
本記事を参考に、インボイス制度に登録すべきかどうか、判断してみてください。

創業手帳の創業者・大久保のコメント