法人は3割特例を使えない？インボイス2割特例終了後の対応を解説

2割特例が終了した後の対応を考えよう

インボイス制度における2割特例は、課税事業者であっても消費税の納税額が少なくなる制度です。
売上げにかかってくる消費税の2割を納付するというものであり、事前に届け出なども必要なく申告時の選択のみで適用されています。

しかし、これは一時的な特例として認められていたため、2026年9月30日で終了してしまいます。
その後は、課税方法を選択する必要がありますが、どのような対応にすべきかを考える必要があります。この記事では、インボイス2割特例終了後の対応について解説します。

法人も活用できるインボイス2割特例はいつ終了？

インボイス制度の2割特例は、免税事業者からインボイス登録した事業者が対象で、売上税額を2割に軽減できる制度です。
2026年9月30日に特例期間終了となり、延長されることはありません。ここでは、特例制度の内容について解説します。

そもそも「2割特例」とは

「2割特例」とは、インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置です。
インボイス制度により、課税事業者となった小規模事業者支援のための段階的な負担軽減を目的に設けられたものです。
インボイスの発行によって小規模事業者の資金繰りや経理の負担などの影響を考え、経過的な措置として課税事業者となったものが対象となり、納税額を抑える目的があります。

この2割特例の対象になるのは、インボイス制度によって免税事業者から課税事業者となった場合が対象です。ただし、以下に該当する法人・事業者は対象外となります。

• 資本金1,000万円以上の新設法人
• 基準期間において課税売上高が1,000万円以上の事業者
• 高額特定資産取得で仕入税額控除を行った事業者
• 課税事業者となり2年が経過する日までに調整対象固定資産を購入した事業者

2割特例の終了時期

インボイス制度の2割特例は、一時的な負担軽減のために設けられた制度です。適用期間は2023年10月1日～2026年9月30日までの課税期間が対象となります。
2割特例は予定どおり終了し、2026年9月30日を含む課税期間までが適用対象です。2027年以降は、一定の個人事業者を対象に3割特例が設けられます。

ただし、個人事業主は現行の2割特例が適用可能な確定申告は2026年分です。法人の場合、2026年9月30日が属する課税年度までとなります。

法人はインボイスの3割特例の対象外

2割特例が終了すると納税額が増えるのは仕方ありませんが、急増の緩和を目的とした3割特例の導入が予定されています。
2割特例が終了した後に移行できる3割特例は、個人事業主を対象としたものであり、法人は対象外です。ここでは、インボイスの3割特例の概要や条件などを解説します。

3割特例の概要

2026年度税改正で新設されたインボイス制度における「3割特例」は、個人事業主やフリーランスの消費税額負担軽減を目的としています。
インボイス制度が誕生し、急激な負担軽減のために設けられた2割特例でしたが、終了後新たに経過措置として「3割特例」が設けられます。

現在の「2割特例」は2026年度分で終了しますが、新たに2027年と2028年の2年分は3割特例の対象として適用される仕組みです。
実際にかかる経費額に関係なく、売上にかかる消費税額から3割納付する仕組みになっています。

特例の適用条件

3割特例が適用されるのは、フリーランスや個人事業主のみです。さらに、基準期間となる前々年の課税売上高が1,000万円以下が主な条件となっています。

法人は対象外となるので特例には該当しません。この場合、法人成りとなった1人社長も適用外になるので注意してください。
2割特例を利用していた小規模法人でも、今回の3割特例では対象外に含まれるため、本則課税もしくは簡易課税への移行となります。

3割特例の期限

3割特例は、個人事業主に限り納付税額が売上税額の30％にできる特例措置です。
あらかじめ適用期間が決められていて、3割特例の適用がされる期間は2027年（令和9年）分と2028年（令和10年）分の2年間です。

本来であれば、現行の2割特例終了後に多くの事業者が本則課税もしくは簡易課税への移行となりますが、急激な負担が増える可能性のある個人事業主に対しての新たな経過措置として3割特例ができました。

インボイスの2割特例が終了した後の選択肢

法人の場合、インボイスの2割特例が終了したら、その後は消費税の計算方法を選択しなくてはなりません。ここでは、2割特例終了後の選択肢を詳しく解説します。

本則課税（原則課税）

消費税の標準的な計算方法となるのが、本則課税（原則課税）です。原則として、すべての事業者がこの方法を使うことになります。
本則課税（原則課税）の仕組みを簡単に説明すると、売上げに含まれている消費税から経費や仕入れなどで支払った消費税を引いて納付税額を計算する方法です。
計算は「売上の消費税－仕入れや経費額の消費税＝納付税額」で算出されます。
以下の計算式の例で確認してください。

例えば、売上1,100万円（100万円の消費税込みの金額）、仕入れ550万円（50万円の消費税含む）となった場合、（売上）100万円－（仕入れ）50万円＝50万円となり、この50万円が納める税金となります。

簡易課税

小規模事業者向けに、計算を簡単にするために設けられた制度が簡易課税です。
実際に仕入れた際にかかった消費税を計算せずに決まっている「みなし仕入率」を活用し、控除となる消費税を求めることができます。
利用条件として、前々年の課税売上高が5,000万円以下であり、前もって税務署に「簡易課税制度選択届出書」の提出をする必要があります。簡易課税には、各業種で仕入率が変わってきます。

【業種別みなし仕入率】

計算式も控除税額と納付税額をそれぞれの方法で算出します。
「売上の消費税×みなし仕入率＝控除税額」
「売上の消費税－控除税額＝納付税額」

本則課税と簡易課税の選び方

本則課税と簡易課税について簡単に解説しましたが、どちらを選択すべきか迷う場合は、以下の内容を参考に検討すると適した計算方法がわかりやすいので参考にしてください。

本則課税が向いているケース

本則課税は、消費税において原則的な計算方法となるため、適用期間の制限なども設けられていません。
簡易課税などの特例を選択していない課税事業者は、本則課税によって納税額を計算します。
事業者が売上げにかかる消費税から仕入れなどにかかった消費税を引いて納付する計算であり、実際に支払った消費税を正しく把握できる方法となります。

仕入れの多い製造業、卸業、きちんと帳簿管理がされている事業者、実際に支払っている消費税が多い事業者は、支払った消費税が売上消費税を上回った時に還付が受けられるので、納付税額が抑えられるなどのメリットも得やすいです。

簡易課税が向いているケース

簡易課税は、消費税を簡略化してみなしと考えてシンプルな計算にするものです。
適用事業者の要件などもあり、業種区分によって分かれているみなし仕入率で計算できるため、経費率の低い業種は事務的な負担の軽減が期待できます。

経費の領収書をひとつずつ計算する必要がなく、実際の経費以上に差し引ける可能性もあるので、人件費の比率が高い業種が向いています。
特に簡易課税が向いている業種は、以下となります。

• 公認会計士
• 弁護士
• 税理士
• 経営コンサルタント
• 講師
• カウンセラー
• エンジニア
• ライター
• WEBデザイナー
• 美容師
• 理容師など

2割特例終了までに法人がやるべきこと

2割特例は、2026年9月30日を含んだ課税期間で終了することが決まっていますが、この期間までに法人が準備すべきことを解説します。

本則課税に移行する際の対応

法人が本則課税に移行する際には、経過措置がさらに細分化されることで、それぞれの控除割合や適用期間ごとの税区分を管理するなど、集計作業がより複雑化するので注意しなくてはなりません。
新たな内容に対応していくには、事前に会計システムやソフトが改正後の経過措置に対応できるかどうかの確認も必要です。
控除割合などの年度別設定がされているか、経過措置対象の取引きなどが自動で判別できる判定機能の搭載などの有無により、実務の負担が大きく異なります。

他にも、請求書や帳簿の適切な管理や保管、これまでの計算方法からの切り替えなど事務的な作業の切り替えなども必要です。
必要な機能が不足している場合は、これらの作業が手作業に変わることで集計漏れや入力ミス、確認不足などのリスクに関係してしまうため、あらかじめ統一の入力ルールや設定などが欠かせなくなります。

簡易課税に移行する際の対応

個人事業主は2割特例から3割特例への移行が可能ですが、法人は3割特例への移行ができないため、本則課税もしくは簡易課税への選択が必要になります。
法人が2割特例から簡易課税に移行するメリットは、みなし仕入率が80％以上になる場合です。

ただし、自動的に移行されるものではなく、「消費税簡易課税制度選択届出書」の提出をもって移行と判断されます。
原則として、管轄の税務署に届出書を提出するのは課税期間開始前日までとなります。
簡易課税を選択した場合でも、税額シミュレーションなどでおおよその額を知っておくことがポイントです。

2割特例終了後の注意点

2割特例が終了することで、気を付けたい点がいくつかあります。

税負担が増える

今までは2割特例によって売上に係る消費税額の負担が軽減されていましたが、特例終了によって消費税の計算方法が変わってきます。
課税売上に対しての納税額が計算されることで、税負担が増えることは明らかです。
他にもインボイスの保存や区分処理などの運用コストもかかることから、負担に感じやすくなります。

簡易課税は2年間継続が必要になる

簡易課税へ切り替える場合は、管轄の税務署に「消費税簡易課税制度選択届出書」の提出が必要であり、適用を受けたい課税期間初日の前日までが期限です。
この制度を申し込んだ場合は、原則2年間の継続適用が義務となり、途中で本則課税への切り替えはできません。

翌年に高額な設備投資によって仕入れが大きくなるなどの場合、本則課税であれば還付を受けられる可能性がありますが、簡易課税では受けられなくなります。
短期的な節税で簡単に選択するのではなく、事業計画などを検討してからの申請判断が重要です。

2割特例に関するよくある質問

ここでは、2割特例に関する質問と回答をまとめて解説していきます。2割特例について疑問を解消したい人は参考にしてください。

2割特例はいつまで使える？

2割特例は2026年9月30日で終了する制度です。インボイス制度の特例であり、売上税額の2割を消費税の納税額にする措置で、課税期間の延長なく終了が決まっています。

ただし、個人事業主と法人では2割特例の適用可能な確定申告日が異なります。
個人事業主は2026年分の確定申告まで適用されますが、法人の場合は2026年9月30日の属する課税期間の確定申告までが適用範囲です。

2割特例は延長される？

免税事業者からインボイス登録事業者になった場合の納税額負担軽減を目的に、2割特例がありました。
今回、2割特例は2026年9月30日で終了となり、延長措置はありません。

その代わりに、フリーランスなどの個人事業主に限り、納税額を3割に変更した3割特例が開始し、2028年分までの2年間利用できることになりました。
ただし、3割特例は2割特例の延長ではなく、2027年分・2028年分の個人事業者を対象とした新たな経過措置という認識です。

法人は3割特例を使える？

新たに始まる3割特例ですが、今回法人は対象外となります。
3割特例の適用要件には、個人事業主であること、インボイス発行事業者登録を済ませていること、基準期間の課税売上高が1,000万円以下であることが含まれています。
法人は2割特例からの移行ができないため、本則課税もしくは簡易課税での申告を選択してください。
また、簡易課税を選んだ場合は管轄の税務署に「消費税簡易課税制度選択届出書」の提出が必要です。

まとめ・2割特例が終了する前に自社に合う課税方法を検討しよう

税制改正大綱の変更によって、法人と個人事業主で適用される特例が異なることが分かりました。
法人と1人社長は3割特例が利用できないため、本則課税もしくは簡易課税を選択しなくてはなりません。
負担が増えてしまうものの、今後の経営でどちらがお得になるかを判断し、早めにシミュレーションを行うようにしてください。

創業手帳（冊子版）では、経営や税金などに関する内容を掲載しています。新たな制度に関する情報も含まれているので、この機会にご活用ください。

（編集：創業手帳編集部）